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질문 좋은 primer를 선택하는 방법
알미니썬(대학원생)  | 08.08 22:14
첨부파일 파일첨부: primer.JPG (88 KB)
이미지 첨부파일

안녕하세요. PCR primer를 디자인할때 어떻게 고르면 잘 고를 수 있을지 질문하고 싶어서 글 남깁니다.

 

제가 primer-blast를 여러 조건을 넣고 돌렸는데, 사진처럼 여러 프라이머가 나옵니다.

 

원래 여러 프라이머가 나오는건 알지만 문제는 프라이머끼리 겹치는 부분 때문에 어떤 것을 선택하면 좋을지 잘 모르겠다는겁니다...

 

혹시 기준 같은 것이 있을까요?

알려주시면 감사하겠습니다ㅠㅠㅠ

#PCR
 
#primer
 
#amplicon
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...  |  08.09 10:53   

primer 사용 목적이 뭔가요

선택에 별 기준 없고

딱히 좋은 primer랄 것도 없어요

웬만하면 다 됩니다.

PCR이 잘 안 될 때나 고민해볼 필요가 있을 것 같네요

대왕개구리SPEED  |  08.09 13:53  

- 우선 primer의 사용 목적이 있어야 합니다.

 

- 처음 배울 때는 프로그램 보다는 직접 유전자 서열을 가지고 디자인 하는

것을 추천합니다.

알미니썬  |  08.09 15:45  

primer 사용 목적은 PCR 진단입니다.

 

전에 쓰던 프라이머가 끌림이 많아서 새로 디자인 하려는 것입니다..ㅠㅠ

알롤로야놀자  |  08.18 15:39  

사실 primer의 좋고 나쁨은 실제로 실험해보기 전까지는 모른다,, 가 맞는 답변인 것 같습니다.

보통 primer design program은 그 프로그램만의 효율적인 primer를 선정해주지만 실제로 실험에 적용했을 때 좋지 않은 결과가 나오는 경우도 있죠

그리고 혹시 단순히 전기영동을 했을 때 gel 끌림현상의 경우 templete이 너무 많아서 끌리는 경우도 있으니 시료 및 시약의 volume을 조정하는 것도 방법이 될 수 있을것같아요

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