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 전체 > Molecular Biology-RNA > Purification/Isolation
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질문 sequencing 시 data가 깨끗하게 나오지 않아요
알타코(대학생)  | 08.04 16:17

 

SARS-CoV-2의 spike protien을 Sanger sequencing을 통해 확인하고 있습니다. 

 

one step RT-PCR kit(HyQ One step RT-PCR kit)를 이용해 cDNA 합성과 PCR까지 한번에 진행하고 있고, 전기영동 상에서 band가 뜨는 것을 확인 후sequencing을 업체에 의뢰하고 있습니다. 

 
그런데 결과를 받아보면 여러개 sample 중 한두개씩 결과가 좋지 않네요ㅜㅜ 
 
아래와 같이 comment를 받았습니다. 
 
upload_image
upload_image
upload_image
실험실에서 확인했을 때는 아래와 같이 band가 명확하게 확인되어 의뢰했는데 왜그럴까요..?
(영동 사진의 4,5번이 sequencing 결과가 나오지 않았고, 나머지 sample은 sequencing 결과를 받았습니다.) 
upload_image
 
 
각각의 sample은 CT값을 기준으로 비슷한 정도의 것입니다. 
 
10개 정도의 sample에서 한두개가 이렇게 튀니 속상하네요ㅜ
 
생각해볼 수 있는 원인이 뭐가 있을지 궁금합니다.
#sequencing
 
#sanger
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  08.04 18:17  
첨부사진의 상태로 분석의뢰했나요?
알타코  |  08.05 09:41  

 

네 

첨부된 영동사진이 PCR product를 sequencing 의뢰하기 전 band를 확인한 사진입니다.

 

동일한 product를 송부해 의뢰했고, 결과가 위와 같이 나왔습니다.

대왕개구리SPEED  |  08.05 09:46  

- single band가 아니므로 한번 정제를 해서 분석하는 것이 좋을 듯 합니다.

알타코  |  08.05 10:33  

감사합니다. single band가 아니라는건 영동 상에서 band가 하나로 뜬게 아니라는 말씀이신가요..?? 

 

 

대왕개구리SPEED  |  08.05 10:46  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- 네.. main band외에 위로 최소 2개 이상의 band가 보입니다.

 

- 염기서열 분석을 깨끗하게, 최대한 길게 읽으려면 우선 target band외에는

아무 band가 없는 상태로 의뢰하는 것이 좋습니다.

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