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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 시퀀싱 일치도 및 논문에 넣을 때 질문
알스칼렛(과기인)  | 08.02 13:32

세균 감염 시료 2개를 타켓 primer를 이용하여 PCR하였는데, 1개시료는 정상위치에 나왔고, 다른 시료는 정상위치에서 2개로 나뉘어진 밴드가 나왔습니다.  PCR이 제대로 된 것인지, 타켓세균인지 확인하고자 시퀀싱을 맡겨서 blast로 확인해 보니 일치도가 둘다 98%, 97% 이렇게 나오네요. 

1. 일치도 97, 98%면 동일 세균이라 볼 수 있을까요? 

2. blast 로 시퀀싱 확인할때, forward primer 결과와 reward primer 결과를 각각 따로 확인하는 방법 밖에 없나요? 이를 논문에 넣을 때는 둘 중 한 가지 결과만 넣으면 되는 것인지 궁금합니다. 

 

시퀀싱 data를 처음 핸들링 하다보니 모르는 게 많습니다. 고수님들 가르쳐 주십시오.

#sequencing
 
#blast
 
#일치도
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리강시  |  08.02 14:08  

어떤 유전자를 PCR 증폭했는지는 모르겠으나 sequencing을 했다면 sequencing 정확도를 확인하기 위해서 sequencing peak 를 확인해야 합니다. 

아마도 한 유전자를 앞뒤로 읽은 것 같은데 겹치는 부분이 있으면 두 sequen ce를 하나로 합쳐서 일치도를 확인해 보세요.

원글자  |  08.02 14:35   

sequencing peak는 잘 나왔고, 시퀀싱 업체에서도 high quality data라고 하였습니다.

 

시퀀싱 업체에서 Forward primer(F)와 reward primer(R)를 모두 달라서 해서 pcr product와 함께 보냈고, F로 했을 때 일치도가 97%, R로 했을 때 일치도가 98%로 나옵니다. 

일치하는 시퀀싱을 R의 경우 반대 염기로 바꾸어서 봐야 하는 건지요?

대왕개구리강시  |  08.02 15:24  

R 서열은 reverse complement로 바꿔서 F 서열과 연결시켜 보세요.

그렇게 하나의 사열이 나오면 그걸로 상동성검색하세요.

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