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다량의 gDNA 컨탐은 gel을 걸어보면 rRNA 밴드 위에 gDNA 밴드가 보입니다.
소량일 경우, 잘 알려진 유전자의 서로 인접한 intron과 exon에서 각각 primer를 만들어서 PCR을 해보면 됩니다.
exon만 증폭하는 PCR은 되고 intron-exon을 아우르는 PCR은 안되면 gDNA 오염이 안됬을거라 추정할 수 있죠.
Qiagen 사이트 링크 합니다. ^^ 리소스에 가시면 좋은 프로토콜들이 있어요.
http://www1.qiagen.com/products/catalog.aspx?productlineid=1000280&#Tabs=t2
정확히 얼마의 RNA당 DNase 얼마다 라는 것은 말하기 힘들지만, 저희 실험실에서 하는 것을 예로 들면,
- 10ug of total RNA + 2ul of 10x RDD buffer + 1ul of DNase (1U/ul)
- Incubate at 37도 for 30분 (or at RT for 1h)
Incubate at 65도 for 5분
반응이 끝나면 바로 RT-PCR실험으로 진행이 가능합니다.