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 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
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질문 single fly pcr할 때 gDNA 농도가 낮아요
올챙이bioer(대학원생)  | 07.18 21:19

안녕하세요

저는 초파리를 모델동물로 연구하고 있는 대학원생입니다.

single fly pcr을 하려고 하는데, OR로 gDNA를 뽑으면 농도가 대략 1000ng/ul

정도 나오는데요,

실제로 실험에 사용할 233 {nos-cas9-mSA, Pax-GFP} attp40 초파리 라인을

한마리씩 뽑으면 농도가 200ng으로 나와요. 

인젝션 보내고 제가 찾는 라인 screening 할때 한 마리씩 single fly pcr하려고 하는데, 농도가 낮으니까 pcr도 잘 밴드가 안 뜹니다.

원래 single fly pcr방법으로 gDNA 뽑을 때 초파리 라인 마다 농도가 다른가요??

제가 사용하는 방법은 1X SB buffer를 30ul넣고 호모게나이저로 약 2분간 갈고 37도에서 30분간 incubation 시키고 95도에서 5분간 둔 후에 최고 스피드로 원심분리하고 바로 얼음에 꽂아서 농도 측정 후 pcr하는 것으로 하고 있습니다.

 

혹시 single fly pcr할 때 gDNA 뽑는 다른 방법이나 제 방법에서 고칠 점이 있을까요?

#single fly pcr
 
#gDNA
 
#drosophila
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
-_-  |  07.19 10:29   

싱글 플라이 지노믹 디엔에이 뽑을 때 농도 체크는 해본 적이 없는데요.

딱히 피씨알에서 지장이 있었던 적은 없습니다.

뭔가 다른 실험과정의 문제가 아닐까 싶습니다.

근데 호모지나이저 페슬이 피씨알튜브 150~200짜리에 들어가긴 해요?;

설마 이피튜브 1500짜리에다 싱글 플라이 하시는 건 아닐 거고.

보통 그냥 피펫팁으로 한 10초 정도 뽀작뽀작 으깨주면 충분합니다.

원심분리도 할 필요 없고요. 떠다니는 게 불편하니 그냥 미니스피너 같은 데

피씨알튜브 끼워서 돌려 대충 다운시켜서 씁니다.

96웰 플레이트 쓰면 플레이트 돌릴 수 있는 거에다 살짝 돌리고...

수정 --- 피씨알 밴드가 어떻게 뜨는지, 피씨알 컨디션은 어떤지

구체적으로 적어주시면 좋겠습니다.

지노믹디엔에이 농도가 좀 낮아도 피씨알 원리상 어지간하면 다 뜨는 편이라

저는 피씨알 컨디션 문제가 아닌지 의심합니다.

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