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- 102aa에서 1~29aa는 분비를 위한 signal pep., 활성형은 30~102aa까지
입니다.
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레벨1
임노코
(대학원생)
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22.07.11 17:39
29aa 과 관련된 수치는 없는데 어떻게 나온거구
두번째 사진에서 CDS는 1~102aa 인데 Region은 15~92aa이라고 합니다 그렇다면 뒷부분의 93~102aa은 활성에 관여하지 않고 버려지는 건가요?
> Region 이라는 영역이 있는데 이것이 정확히 무엇을 의미하는 지 잘 모르겠습니다.
안녕하세요.
이 경우 15..92 에 해당하는 부분이 pfam 에 의해 "conserved domain"으로 Conserved Domain Database (CDD) 에 등록이 되어 있습니다. 이 부분이 다른 종에서 발견되는 상동 유전자 산물 펩터이드 서열들과 특히 더 유사하게 잘 보존이 되어있다고 보시면 되겠습니다. 해당 링크 (284718 부분) 를 클릭해서 더 살펴보실 수 있습니다.
다만 이 부분만이 기능을 갖고 있다는 뜻은 아닙니다. 단지 서열을 다른 상동 유전자 산물들과 비교했을 때 이 부분이 더 잘 보존되어 있더라 입니다. 이 정보를 유전자/펩터이드 annotation 근거로 사용했을 가능성이 큽니다.
Singnal peptide 가 예측이 되었을 때는 따로 sig_peptide 와 mat_peptide 필드가 있던데 여기는 없네요. 예측을 아직 안 해봤을 가능성이 있습니다.
- sig. pep은 발혀져 있으며 NCBI는 protein 구조를 분석하는 database가
아니기 때문에 다른 database를 이용하는 것이 좋습니다.
윗분 말씀이 맞습니다.
이 프로틴의 경우 human 것은 signal peptide 가 있던데, 올려주신 screenshot 에 따르면 넙치 프로틴에서는 규명이 안 되어 있나 봅니다.
SignalP6.0 를 주변에서 쓰는 걸 많이 봤습니다.
https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP
다만 NCBI에 올라와 있는 넙치 프로틴이 full-length 여야 하겠습니다.
- 넙치도 밝혀져 있으며 SignalP6.0은 예측하는 tool이기 때문에 cloning에
사용하는 것은 적절하지 않습니다.
- sig. pep. 관계없이 CDS를 1차 cloning하는 것이 좋을 듯 합니다.