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질문 RepeatMakser를 실행하고난 결과인데 simple repeats와 low complexity가 0으로 나옵니다.
올챙이JJUUHH(대학생)  | 07.01 16:03
첨부파일 파일첨부: RepeatMasker tbl.PNG (34 KB)
이미지 첨부파일

안녕하세요! 제가 RepeatMasker 예제파일 (test.fasta)을 가동시켰는데

 

예제에서는 Simple reprats와 Low complexity가 24210(1.84%), 4140(0.41%)로

측정이 되는데 제가 RepeatMasker 실행시켰을 때는 다른 것은 정상적으로 검

출이 되는데 simple repeats와 Low complexity가 0으로 나옵니다.

 

혹시 어떤 것 때문에 이러한 문제가 발생하는지 아시는 분 계실까요?

#RepeatMasker
 
#Bioinformatics
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리크옷  |  07.02 22:14  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

RepeatMasker 옵션 중에 -nolow 등 low complexity region 이나 simple repeats 를 masking 할 것인지 정해주는 것들이 있던 걸로 기억합니다.  이 옵션들이 설정이 되어 있는지, 또는 예제 결과를 만드는 데 쓰였던 버젼과 지금 버젼 사이에 어떤 차이가 있을런지도?

혹시 이 다음 step 이 gene model prediction 이라면 simple repeat/low complexity 는 masking 하지 않는 것이 좋습니다. Protein-coding ORF가 simple repeat 등에 걸쳐 있는 경우가 흔하니까요. 제 note 를 보니 항상 -nolow -no_is (이건 무슨 옵션이었는지 기억이 -_-;; ) 옵션들을 켜 놓고 RepeatMasker 를 수행했었네요.

...

사족: 다음 스텝이 gene model prediction 이라면, 특히 유전체가 작고 compact 한 편인 경우 protein-coding tandem duplicated 유전자들이 LTR 로 masking 이 되어버리는 경우도 많이 있었습니다. RepeatMasker 로 masking 이 된 서열 중에서도 expression 이 일어나는 유전자가 있을 수 있어서, 얘네들을 따로 구출하곤 했던 걸로 기억합니다.

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