질문이 명확하지가 않네요.  STAR 를 어떤 reference 를 써서 어떤 mode, parameter 로 실행하셨고, isoform 관련 결과물의 파일 이름, 포맷과 처음 몇 줄을 올려주시면 좋겠습니다. 

Isoform 이란 한 유전자 locus 에서 primary RNA 가 전사된 다음 alternative splicing 을 거쳐 나온 여러 형태의 mRNA 산물들을 말합니다.  

짧은 read 에 의존하는 RNA-seq 이라면 말씀하신 대로 exon 사이에 걸치는 read 들을 정량해서 예측합니다.  Pipeline 에 따라 (1) splice-aware aligner (.sam 또는 .bam 파일 생성) 와 (2) (1)의 결과물로부터 각 isoform 의 발현량을 예측/정량하거나 reference 에 없는 새로운 isoform 을 조립해서 보고하는 도구가 따로 있을 수 있습니다.