[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
기산바이오(주)
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
정전에 따른 서비스 중지 : 8월 20일 토요일 오전 8시
전체보기 안전점검 LABox
 전체 > Bioinformatics
조회 198  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 DNA, RNA에서 isoform이란 것이 정확하게 무엇인가요?
알쪽5빠2(대학생)  | 06.29 16:51

STAR 프로그램을 돌리면 결과파일 중에

isoform에 대한 파일이 있는데

 

여기서 isoform이란 것은 엑손 사이에 리드가 걸친걸 의미하는게 맞나요?

 

정확하게 자세히 설명 부탁드립니다.

#isoform
 
#bioinformatic
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리크옷  |  07.03 08:02  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

질문이 명확하지가 않네요.  STAR 를 어떤 reference 를 써서 어떤 mode, parameter 로 실행하셨고, isoform 관련 결과물의 파일 이름, 포맷과 처음 몇 줄을 올려주시면 좋겠습니다. 

Isoform 이란 한 유전자 locus 에서 primary RNA 가 전사된 다음 alternative splicing 을 거쳐 나온 여러 형태의 mRNA 산물들을 말합니다.  

짧은 read 에 의존하는 RNA-seq 이라면 말씀하신 대로 exon 사이에 걸치는 read 들을 정량해서 예측합니다.  Pipeline 에 따라 (1) splice-aware aligner (.sam 또는 .bam 파일 생성) 와 (2) (1)의 결과물로부터 각 isoform 의 발현량을 예측/정량하거나 reference 에 없는 새로운 isoform 을 조립해서 보고하는 도구가 따로 있을 수 있습니다. 

답변하기
할인행사/신제품신기술 광고 검색광고
필코리아테크놀로지 필코리아테크놀로지
MNI-Electrophoresis System 40% 할인행사! (12.28까지)
필코리아테크놀로지 필코리아테크놀로지
소모품이 필요없는 Cell Counter 직접 사용해보세요!
코람바이오텍 코람바이오텍
[Cell Signaling Technology] Carrier-free/Cunjugated 항체 및 Cus..
그린메이트바이오텍 그린메이트바이오텍
[TECAN 한국공인대리점] TECAN Microplate reader/ IMPLEN Nanophotomet.. (12.31까지)
인성크로마텍 인성크로마텍
[Newomics] M3 Emitter®: LC-MS 감도 향상을 위한 마이크로플로우 LC-나노스프레이 이온..
그린메이트바이오텍 그린메이트바이오텍
[TECAN한국대리점] NGS library Prep 자동화 all-in-one 솔루션_DreamPrep N.. (9.31까지)
최근등록   더보기 >
In-gel digestion 해보신 계신가요ㅠㅠ   08.14
Gelatin zymography 도와주세요ㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠ band가 아에 없어요,,,   08.13
아세트 아미노펜, 아스피린 합성   08.13
'에틸렌이 동물의 노화에 미치는 영향 실험'에 관한 질문을 드리고 싶습니다.   08.13
Transfer 도와주세요ㅜㅜ   08.13
시퀀싱 주문 실수   08.13
pcr 관련   08.12
TSB 배지 제작 중에서..   08.12
Phospho ser/thr 선택방법   08.12
96well 기포 제거 방법   08.12
최근답변자 우수답변자
올챙이jyun1009

대왕개구리강시

올챙이쿵쿠따리쿵쿠따

올챙이sjsj3636

대왕개구리SPEED

앞다리oneday

알하윰

앞다리prot

꽃개구리Jake

꽃개구리Baltimore

개구리secu

개구리Lucid

개구리cslee

개구리닥눈삼

꽃개구리Applied_Mi..

꽃개구리visavis

실험관련연재
세오 연재중실전 실험 프로토콜 101
세오 (필명) (Cincinnati Children’s Hospital Medical Center)
곽민준 연재중랩노트
곽민준 (POSTECH 생명과학과)
신코 연재중분석장비 이야기
분석장비 탐험가 (필명) ((주)신코)
박은총 연재마감후배에게 주고 싶은 면역학 노트
박은총(Duke University)
Mr.S 연재마감의학계의 Spectaculum: 임상시험
Mr. S (필명) (연세대학교)
에스프리 연재마감실험을 해봅시다
에스프리 (필명)
이제욱 연재마감생명과학자 기초체력 다지기
이제욱 (오송첨단의료산업진흥재단, 신약개발지원센터)
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
진스크립트 광고