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안녕하세요.
스케일이 만약 아래 링크와 같다면 중간 정도 quality 도 에러 확률이 10^-3 이하라고 하니까 믿어도 된다고 생각합니다.
http://assets.geneious.com/manual/8.1/GeneiousManualse29.html
왜 그 부분이 상대적으로 quality 가 낮은지는 모르겠네요.
800bp 이상은 양방향으로 읽어서 confirm하는것이 좋습니다.