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질문 InDel marker를 이용한 PCR product인데 밴드가 안나와요...
알해조칼슘풍덩(대학원생)  | 06.24 16:19
첨부파일 파일첨부: ㅠㅠ.png (460 KB)
이미지 첨부파일

안녕하세요 많은 분들의 의견을 듣고 싶어 이렇게 글을 남깁니다.. 

제가 이번에 한 식물의 indel marker의 염기서열을 보고 oligo primer를 주문하였으며, 

pcr 조건으로는  아래와 같이 진행하였습니다.

95℃- 5min  1cycle

--------------

94℃-30sec

55.2, 49.3, 44.8, 41.8, 40.0 ℃-30sec

72℃-40sec  32cycle

--------------------------

72 ℃-10min  1cycle

 -----------------------

4℃-∞  1cycle

100V, 55min 전기영동, gel 농도 1.5%

처음  45℃ 동일 조건으로 진행하였을 때는 밴드가 희미하게 여러개 보였으나.

이번에 gradient로 진행하니 저번에 나왔었던 45℃대의 여러 밴드들도 안보이고 단일밴드로 나왔습니다..

ladder의 경우 잘 나왔으며, loading dye도 찍혀 있어 겔 밖으로 pcr product가 빠져나가진 않은거 같은데 

왜 band가 안나왔을까요,, 이럴 때 해결은 어떻게 하시는지 많은 조언 감사드립니다.

부디 많은 의견 남겨 주시면 감사드리겠습니다..

추가로 band가 많이 구불 거리는데 이부분,,어찌 해결하는게 좋을까요? 

전기영동 v를 낮추고, 시간을 늘리면 될까요?

 

 

#PCR
 
#전기영동
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