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BioLab 이은열 교수
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 전체 > Molecular Biology-DNA > etc.
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질문 PAGE 에서 두 ladder가 너무 다른 위치에 나옵니다.
알서박(과기인)  | 06.24 16:16

안녕하세요, 바이오 전공자는 아니지만 요즘 DNA 를 이용한 여러 실험을 진행하고 있는 유기합성 전공자입니다. 최근에 PAGE 로 oligonucleotide 의 ligation 진행정도를 monitoring 하다가 이상한 현상을 발견했습니다. 

사진에 보이는 첫번째 lane 2와 lane 7은 서로 다른 ladder 입니다.

lane 2 는 bioneer 의 10 bp ladder이고 lane 7 은 Thermo 의 ultra low range ladder입니다. 근데 얘네들의 basepair 위치 차이가 상당합니다. 

저는 기존에 Bioneer 제품을 쓰고 있었는데 보시는 것 처럼 윗 부분에  smearing 하는 현상이 있어서 이를 개선해보고자 thermo 제품을 구매하였습니다. 근데 bp 위치가 기존과 크게 차이가 나며 이를 바탕으로 해석했을 때 제 샘플들이 이론적인 길이보다 훨씬 길어보인다는 문제가 있습니다. 

ladder에서 왜 이런 차이가 나는 걸까요? 

홈페이지에는 둘다 Agarose gel 용이라고 되어 있는데 제가 page 에서 사용해서 그럴까요? 

그렇다면 둘 중에 더 정확한 ladder는 무엇일까요? 이럴경우 standard oligo 

샘플 (이미 길이를 정확히 알고 있는) 을 같이 run 해봐야 될까요?

잘 아시는 선생님들의 도움 부탁드립니다. 감사합니다.

upload_image

 

#gel electrophoresis
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리지나가는 생물학자  |  06.24 16:25  

혹시 바이오니아 10bp ladder를 구매하신지 오래되셨나요? 혹시 얼렸다 녹였다를 반복 하셨나요?

보통 PAGE로 내린다고 다르게 나오는건 아닌것 같구요.. 그렇다면 두 제품 모두 다르게 보여야 하는데 Thermo 제품은 깨끗하게 내려갔으니까요..

혹시 내린 샘플중에 사이즈를 아시는것이 있다면 어떤 쪽이 문제 일지 확인해 보시면 좋을것 같아요..

5% agarose 젤에 두 제품의 ladder를 함께 걸어 체크 하시고 둘다 새제품이라면 문의 하셔야 할것 같네요..

대왕개구리SPEED  |  06.24 16:42  
제품 번호가 어떻게 되나요?
hyewon.seo8@gmail.com  |  06.24 17:26   

답변 감사드립니다. 일단 말씀하신 제품번호는 .

bioneer : D-1010

thermo: SM1213 입니다. 

 

Bioneer 제품은 구매한지는 오래되었지만 계속 냉동보관하다 오픈한지 몇 달 되지 않았습니다. Thermo는 최근에 구매하였습니다. 

혹시 반복 해동이 좋지 않다면 보통 소분해서 사용하시나요? 예전에 있던 랩에서는 그냥 반복해동 해서 사용했었는데 별다른 문제가 없었습니다.

제가 이해하기로는 일단은 이론적으로는 같게 나와야 된다... 라고 이해됩니다. 아무래도 추가실험을 하고 회사에 문의해봐야 될 것 같습니다. 

감사합니다. ㅠㅠ

대왕개구리SPEED  |  06.24 18:31  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

-  thermo marker 분자량 위치가 잘못되었습니다.

 

- marker 위치를 정확히 확인하세요.

알서박  |  06.27 08:50  

세상에.. thermo의 ultra low range ladder 가 하나인 줄 알고 무심코 image 검색에서 나온 그림을 봤었는데.. 제가 잘못생각했네요 ㅠ 

너무 감사합니다...  맞는 ladder 이미지로 보니까 잘 맞네요!!

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