실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > etc.
PAGE 에서 두 ladder가 너무 다른 위치에 나옵니다.
레벨1 서박 (과기인)
안녕하세요, 바이오 전공자는 아니지만 요즘 DNA 를 이용한 여러 실험을 진행하고 있는 유기합성 전공자입니다. 최근에 PAGE 로 oligonucleotide 의 ligation 진행정도를 monitoring 하다가 이상한 현상을 발견했습니다.
사진에 보이는 첫번째 lane 2와 lane 7은 서로 다른 ladder 입니다.
lane 2 는 bioneer 의 10 bp ladder이고 lane 7 은 Thermo 의 ultra low range ladder입니다. 근데 얘네들의 basepair 위치 차이가 상당합니다.
저는 기존에 Bioneer 제품을 쓰고 있었는데 보시는 것 처럼 윗 부분에 smearing 하는 현상이 있어서 이를 개선해보고자 thermo 제품을 구매하였습니다. 근데 bp 위치가 기존과 크게 차이가 나며 이를 바탕으로 해석했을 때 제 샘플들이 이론적인 길이보다 훨씬 길어보인다는 문제가 있습니다.
ladder에서 왜 이런 차이가 나는 걸까요?
홈페이지에는 둘다 Agarose gel 용이라고 되어 있는데 제가 page 에서 사용해서 그럴까요?
그렇다면 둘 중에 더 정확한 ladder는 무엇일까요? 이럴경우 standard oligo
샘플 (이미 길이를 정확히 알고 있는) 을 같이 run 해봐야 될까요?
잘 아시는 선생님들의 도움 부탁드립니다. 감사합니다.
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