정확히는 알수 없으나 4개의 primer를 이용하는 시스템이 문제가 있는듯합니다
[Genotyping PCR 관련]
일단 genotyping 하실때 WT set, KO set를 따로 진행하는 걸 추천드리구요 한번에 하실려면 WT primer를 다시 디자인하셔야 될듯해요
WT은 잘 나온다고 하셨으니 KO set도 진행해서 band다시 확인해보시구요!
지금은 마우스가 WT인지 Hetero인지 KO인지 판별하는게 먼저인듯합니다
판별한 뒤에 4개 primer 시스템으로 시도해보시구요
[마우스 관련]
Hetero끼리 교배했을때 KO이 안나올수도 있습니다 하시는 target이 무엇인지는 모르겠지만 KO이 lethal 그니까 죽는 phenotype일수도 있어요
(저같은 경우에는 100마리 정도 genotyping했는데 KO이 안나오고 수정란?태아일때 DNA뽑아서 해보니까 KO 확인할 수 있었어요)
이미 알려진 거라면 mouse 자체의 문제일수도 있습니다
(마이너하지만 초산이라던가, 스트레스때문에 새끼를 잡아먹는 다거나 등등이요)
결론만 요약하자면 일단 KO set로 band 나오는지 확인해보시고 나온다면 지금 있는 DNA들로 type부터 판별한 뒤에 생각하셔야 될듯합니다