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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 PCR cycle의 기준이 뭘까요..
알Crufus(과기인)  | 05.20 19:53

RT-PCR에 동일한 gene에 대해서 (실험과정상 꼭 나와야하는 gene임에도 밴드가 도무지 나오지 않아서) 동일한 프라이머를 몇개 더 짜서 돌렸습니다.

해봤더니 5가지 디자인의 프라이머 중에 둘 내지 셋 (밴드가 희미해서 확실하진 않음) 정도에서 아주 희미할 정도로 옅은 밴드가 각각의 product size에 정확하게 걸리네요. 우선은 동일한 Tm으로 진행했는데, Tm이 안맞을 수 있으니 그래디언트를 해봐야 알겠지만.. 여기서 더 사이클을 늘려보는 것은 무의미한지요?

 

보통은 30-35 cycle 정도를 돌리는 걸로 그저 그렇게만 배워서 알고 있는데, 35사이클이라면 이론적으로는 2^35배(=약 340억배)라는 어마어마한 배수가 나오잖아요. 좀 반골기질의 생각이긴 합니다만 문득 35사이클에서 나오는 건 의미가 있고, 40사이클째(약 1조배)에 나오는 건 의미가 없는 걸까 하는 생각이 들어서요.

5번 정도 더 돌리면 원하는 세기의 밴드야 나오겠지만.. 틀린 걸 맞다고 할 수 없는 법이니, 된다면 왜 되는지, 안된다면 왜 안되는지 기준이 궁금한지라 순수한 의문에서 질문을 올려봅니다. 고견 부탁드립니다.

#RT PCR
 
#cycle
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
123  |  05.21 14:07   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

primer가 무한대가 아니고 polymerase의 한계도 있으므로

일정 cycle 이상으로는 이론처럼 늘어나지 않습니다.

일반적인 PCR은 15cycle만 돌려도 band 확인 됩니다.

35cycle에서도 밴드가 희미하다면 PCR 조건이 안 맞는거라고 생각됩니다.

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