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순도가 이론상 중요하긴 한데, 좀 낮게나온다 한들 순도자체로 실험 data의 신뢰를 결정짓지는 않는다고 생각합니다.
RNA 순도는 qPCR 결과에 영향을 주는 요소중 하나이고요. cDNA 합성할때 Oligo dT를 사용하냐 Random primer를 사용하느냐에 따라 qPCR quality에 영향을 주는 경우도 있습니다. 따라서, RNA 순도가 낮더라도 일단 진행해보고, RNA 순도가 낮을때 높을때 qPCR결과에 어떤영향을 미치는지 면밀하게 관찰하고 RNA 순도의 중요성을 글쓴이 분이 결정내리면 될듯 하빈다.
- 결과 우선으로 해석하면 됩니다.
- 순도보다 RNA의 전반적인 quality가 중요하고 primer 또한 중요합니다.
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레벨1
지얀
(대학원생)
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22.05.03 14:58
다들 답변주셔서 정말 감사합니다.
그리고 제가 RNA 순도와 quality 개념을 혼동하여 질문을 드렸었네요.
질문 내용 중 "RNA 순도가 ex)1.2, 2.4의 경우" 라는 부분은 RNA quality가 ex)1.2, 2.4의 경우라고 질문을 드리고 싶었습니다.
정말 많은 도움이 됐습니다. 감사합니다.
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심심해서
(비회원)
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22.05.05 00:03
RNA quality의 확인은...Bio analyzer 등을 이용해 확인할 수 있는데
Core lab이 아닌 경우는 이러한 기계를 이용하기 어렵고, qPCR을 위한 QC에는 너무 번거롭고.......
단순히 랩에서 나노 드랍을 이용하는 방법이 많이 이용되고 있고 질문자님께서도 사용하셔서 그 "결과"를 확인하고 실험을 진행했겠지요.
농도만 표시하면 될것을 왜 "ratio"값이 나올까요?
이러한 경우 OD 260/280 그리고 260/230이 2를 넘는다면 "Good", OD 260/280이 2를 넘고 260/230이 1이하인 경우는 "Bad", 나머지는 "Ugly"라고 표현합니다.
이것은 RNA 추출과정에서 단백질이나 페놀 등 contamination을 의미하며 당연히 cDNA합성과 그 이후의 qPCR 과정에서 문제를 발생시킴니다. 결국 결과해석에서 산으로 가겠지요.
A샘플은 "Good"이고 B샘플은 "Ugly"라면 두개 동시에 실험해 보면 결과는 당연히 차이가 나겠죠.
결론: 본인 혹은 랩에서 과학적인 근거로 사용할 수 있는 기준값(1.8-2)을 마련하고 이 값을 만족하지 못할때에는 다시한번 정제하거나 쓰지 않는다라는 원칙을 만들면 좋을 것 같네요.