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plasmid도 크기에 따라서 젤 %를 달리합니다.
보통의 몇kb 크기 plasmid는 1% 내외의 농도 agarose에서 분석할 수 있지만 몇십 kb 이상이 되면 1% 미만 농도의 젤 %를 사용합니다. 젤 %가 낮지 않으면 큰 DNA 들의 이동속도 차이를 보기가 어렵습니다. 그래서 다른 크기의 plasmid와 gDNA의 젤사 이동속도가 비슷한 것처럼 보입니다.
물론, supercoil form보다는 제한효소로 잘라서 linear form으로 비교하는 것이 제일 정확하겠죠. 왜냐하면 DNA size 마커가 linear DNA이기 때문입니다.
genomic DNA도 기왕이면 0.8% 이하 농도의 agarose 젤에서 낮은 전압으로 천천히 내리는게 좋습니다. 마커도 1kb 마커보다는 high molecular weight 마커를 사용하는 것이 좋습니다. lambda DNA 마커를 사용하기도 합니다.
큰 gDNA를 보는 것은 PFGE에서 lambda DNA concatemer 마커를 사용하는 것이 가정 좋습니다.
정확한 protocol이랑 결과가 없어서 약간의 추측을 가지고 답변을 드릴께요
gDNA를 분리하셨다고 하셨는데 그러면 균내에 있는 모든 DNA들이 추출이 될꺼에요 그래서 plasmid DNA랑 gDNA가 같은 gel상에 나온것이죠
10 kb보다 살짝 상단에 나온건 아마 DNA가 워낙에 커서 ladder나 sample이나 많이 못내려와서 그런걸꺼에요
그런데 만약에 mini-prep같이 plasmid DNA만 분리하는 실험을 하셨다면 실험원리상 gDNA band가 나오면 안되긴합니다
ladder는 저같은 경우에 작은 size의 ladder를 따로 팔았었어요(100bp의 작은 size전용) 그러니 아마 제품을 찾아보시면 큰 size의 제품들도 충분히 있을듯해요 gDNA연구하시는 분들도 많을테니까요
- 모든 세포의 gDNA는 일반적인 agarose gel 전기영동에서는 분자량 별로
내려가지 않고 정상적인 현상입니다.
- gDNA는 항상 비슷한 위치 까지 내려가고 10kb ~ 23kb 사이에 나옵니다.
- 어느정도 분자량 별로 전기영동하려면 PFGE라는 전기영동을 하면 되고
marker는 PFGE용 Mbp marker DNA를 이용하면 됩니다.