실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Gene Cloning
PCR product를 시퀀싱 보내는 경우는 어떻게하나요??
레벨3 soonlok (대학원생)
안녕하세요 선생님들 하나 궁금한게 생겨서 질문드립니다 클로닝 진행중에 시퀀싱을 보내면 자꾸 한 두 서열이 mismatch가 일어나서요 찾아보니 pcr product 자체를 시퀀싱하는 경우도있더라구요 그래서 지금 진행중인 것과 template가되는 원본(plasmid)이랑 한번 비교를 해보고 싶어서요 단순 pcr 에러로 발생한건지 혹은 사용한 template 자체에서 바뀐것인지 확인하려고합니다 여기서 궁금한게 보통 M13F나 M13R같이 일반적인 시퀀싱용 프라이머로 읽고 예외적인 애들은 시퀀싱용 프라이머를 따로 디자인해서 읽었거든요 제가 처음에 배울때부터 시퀀싱이 시작되는 대략적으로 100bp까지는 크로마토그래피로 확인할수있듯이 피크가 지저분해서 여유있게 시퀀싱을 진행하라고 배웠고 실제 몇번은 시작하는쪽에서 지저분했던것을 확인했었습니다 그럼 여기서 pcr product를 읽기위해 pcr product의 시작과 끝쪽에 시퀀싱용 프라이머를 디자인한다면 온전한 pcr product의 시퀀스를 확보할 수 없는게 아닌가해서 진행을 못하고있습니다 지금과같은 실험을 진행해보신 선생님들의 조언이 듣고싶습니다
Bio마켓 프리미엄