세포의 밀도도 통제변인입니다.

쉽게 말씀드리면 세포들이 고밀도냐 저밀도냐도 세포에게 많은 영향을 미치고
따라서 밀도가 단백질들의 발현양상에도 충분히 영향을 끼칠 수 있습니다.  

윗분 말씀 대로 cell to cell connection에 세포의 밀도에따라 자극에대한 반응이 다를 수 있기 때문에 균일하게 진행을 하는거구요 질문자님께서 말씀 하신 BCA는 세포실험 이후의 과정이기 때문에 동일시 할 순 없습니다.

조금 다른 이야기이지만, 셀을 이용한 실험을 할때, 저의 경우에는 아래와 같이 합니다.

10 cm 플레이트인 경우,

Day 1: 셀을 10 cm에 다음 날 90% 되게끔 사용합니다.

Day 2: Day 1에 준비한 셀을 이용해서 다음 날 본 실험에 사용할 셀을 준비합니다.

Day 3: Day 2에 준비한 셀로 본 실험 수행합니다.

오래 동안 키운 셀을 다음 날 바로 본 실험을 하지 않고, 위의 방법으로 셀이 스트레스를 덜 받은 상태에서 실험을 수행합니다.