실험 Q&A Microbiology > Bacteria
(유전자분석)NGR sequencing 결과에 딱 하나 어쭈어보고 싶은 부분이 있습니다.
레벨1 rlatl77791sh (대학원생)
안녕하세요. 처음으로 sequencing 을 의뢰하고 결과를 받아본 대학생입니다.
유전자 변형을 유도한 bacteria 의 resequencing 을 진행하여 어느 유전자가 mutation 되었는가를 확인하려 했는데,
빨간 박스 안처럼, ref와 alt의 base 와,
Eff[*]. CODON 에 표기된 base 가 전혀 다르게 나옵니다.
둘 다 원본 균주의 sequence 와 의뢰한 균주의 sequence 의 차이점을 표시해주는 항목 아닌가요?
풀어 말해, NZ_KL810966.1 chromosome 의 cadR,lspA 유전자가 MODERATE 한 impact 를 받았는데,
그게 (전체 chromosome에서) 58731 번째 C 가 A 로 변하는 mutant가 생겼다는건지,
아니면 (cadR,lspA 유전자에서) 988 번째, 1092번째, 897번째... base 들이 T>G, A>C, A>C .... 로 변하는 mutant가 생겼다는건지 구분이 안 갑니다.
회사에서 준 참조 자료에는 이런 일이 없어서 참고하기 어렵습니다...
혹시 시간 있으신 분이 계시면 짧게라도 설명 혹은 참조할 자료 링크라도 부탁드립니다.
감사합니다
(추신: 유전자 변형 bacteria는 reseqeuncing 의뢰를 맡겼으나,
비교활 원본 bacteria는 유전자 정보가 genebank에 있는 상용화된 bacteria라서 따로 reseqeuncing 의뢰를 맡기진 않았습니다. 대신 genebank 링크만 전달하였습니다)
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