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곰팡이는 보통 PDA 배지에서 잘 자랍니다. PCA는 사용해본적이없는데 잘 자라왔다면 사용하셔도 괜찮지 않을까 합니다.
액체배지를 사용하고싶으시다면 PDB를 사용하시면 될것같습니다.
하지만 분리하려는 균에따라 complete한 배지가 다르기때문에 ATCC라는 곳에 검색해서 찾아보시길 권장합니다.
저수지에서 떠온 물에서 균을 분리하려면 이것저것 섞여있어 아무래도 단일 분리가 어려울것으로 예상되는데..
떠온 물을 한번 걸러준 후에 나온 액체를 고체배지(PDA같은..)에 한방울 넣고 넓게 펼쳐주시거나 streaking(획선도말)하셔서 조금 배양하시고(너무 오래배양하면 단일균을 분리하기 힘들어요) 균사가 겹치지 않은 단일균을 살짝 떼어내서 다른 배지에 옮겨주길 반복하면서 단일균임이 확신되면 필요하신곳에 사용하시면 될것같습니다.