안녕하세요.
보통 plasmid map을 보면 CMV나 EF1a 같은 promoter와 뒤의 start codon 사이에 거리가 있는데
짧은 것은 12bp까지 본 적이 있고 보통은 30~80bp 이후에 start codon이 나오도록 디자인되어 있더라고요.
그래서 promoter 이후에 바로 ATG가 나오도록 디자인 해도 문제가 없는지 궁금합니다.
도움 주시면 감사하겠습니다.
보통 promoter 이후에 전사 개시점이 있어야 전사가 개시됩니다.
전사가 되서 mRNA가 만들어지면 mRNA 앞부분은 5'-UTR 로 단백질이 만들어지지 않습니다. 그 다음에 ATG 가 나옵니다. 그래서 전사개시점부터 ATG 까지 거리가 요구됩니다.
가장 편한 방법은 기존의 벡터에서 promoter 부터 ATG 까지 서열을 따서 사용하는 방법입니다.
mamalian promoter의 경우 전사개시점 상류로 -30 ~ -25pb에 promoter
region이 위치하고 그 하류에 전사개시점으로 불리는 Kozak sequence가
위하며 그 아래 ATG가 있습니다.
전체 길이는 경우에 따라 조금씩 달라지지만 30개 전후의 염기 길이가 됩니다.
TATA box라는 -25bp promoter region이 공식적으로 존재하기 때문에
Kozak에서 25bp는 필요합니다.
강시님, SPEED님,
정보 굉장히 감사합니다.
말씀해주신것처럼 기존벡터에서 promoter~ATG까지는 그대로 이용해야겠네요.
감사합니다.