실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > Purification/Isolation
cell 종류에 따라 rna extraction 수율이 달라지는 이유
레벨1 rornfl (대학원생)
안녕하세요
현재 퀴아젠사의 rna mini kit으로 rna extraction 하는 중인 연구원입니다.
이번에 rna-seq 위해서 rna를 뽑고있는데 어떤 세포는 찰떡같이 rna 농도도 높고 잘 나오는데 어떤세포는 rna 값도 너무 낮고 특히 260/230 값이 0.8 ~1.5 사이로 나옵니다.
제조사의 트러블 슈팅에서는 에탄올 워시가 덜 되면 260/230 값이 낮아지고, spin colum 용량 과부화, lysis buffer 양의 과량 사용인 경우 rna 농도가 낮아진다고 되어있어서 그 내용을 반영해서 protocol을 수정했고 a,b 셀은 좋은 순도로 뽑혔습니다.
그런데 오늘 여러 종류의 세포를 같은 confluency일 때 harvest하고 rna kit extraction을 같은 타이밍에 진행했는데 a,b 셀은 여전히 잘뽑히고 나머지 c,d 셀은 rna 농도가 100이하, 260/230 값은 0.9~1.8로 나왔습니다. (260/280은 2.01~2.06)
상황이 이렇다보니 잘안나오는 셀들이 근본적인 상태가 문제인건가 싶긴한데..... cell thawing 이후에 또 신경쓸 수 있는 부분이 어떤게 있을까요?ㅠㅠ
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