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PCR(genotyping) 시 false band
레벨1 nomask (대학원생)
안녕하세요 선생님들
마우스 genotyping에 의문이 생겨 질문글을 올립니다.
마우스를 새로 들여와 genotyping을 하고 있는데, Negative control 에서도 밴드가 나와 구별이 쉽지 않습니다.
먼저 첨부한 사진을 한 번 봐주시면 열마리의 새로운 마우스들을 genotyping 한 결과입니다.
350bp 에서 Wild type band가 열 마리 모두 보이고 있고, 160bp 부근에서의 mutant band는 확실히 보이는 개체도 있지만 대부분 흐릿하고 진짜인지 확신 하기가 어렵습니다.
exposure를 길게 하면 band가 나온 것 처럼 보여서 모두가 hetero 라고 말할 수 있을 것 같지만
확실하게 짚고 넘어가기 위해 mutant band가 흐릿했던 6, 7번 마우스를 negative, positive control 과 함께 전기영동 해보니 아래 사진과 같은 결과가 나왔습니다.
negative는 이 마우스와 관련 없는 다른 라인의 마우스 두 마리를 사용했고, positive는 mut band가 확실하게 보였던 10번 마우스를 사용했습니다.
보고자 하는 유전자와 전혀 관련없는, 다른 라인의 마우스에서도 mutant 사이즈에 band가 보이는 이런 현상을 겪어보신 선생님들이 계신가요?
band가 진한것과 흐린것 두 가지로 분명하게 갈리면 구분을 할 수 있겠으나 꼭 그렇지도 않고, negative control에서 흐릿하게나마 정확한 사이즈에 band가 보여 이해가 잘 되지 않습니다.
혹시 이런 현상에 대해 사소하게라도 알고 계시는 부분을 말씀해주시면 문제해결에 도움이 될 것 같습니다.
감사합니다.
* PCR 조건은 Jackson lab 사이트에 나온 것과 동일하게 진행했습니다.
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