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특정 균주를 대상으로 한다면 그 균주만 자라는 선택배지를 사용하는 것이 좋습니다.
보통은 토양을 일정량(가령 1g) 떠서 멸균된 배지 또는 DW 에 희석해서 배지에 도말합니다. 액체 배지나 DW에 토양을 넣어서 잘 섞어준 후 10분 정도 가만히 두면 굵은 토양 입자가 가라않고 맑은 상등액이 생깁니다.
상등액을 그냥 쓰기도 하고 멸균된 3MM paper로 걸러서 10-100ul를 고체 배지에 도말하면 됩니다.
세균의 종류에 따라서 방법을 조금씩 달리하지만 달라진 방법 또한 특정 세균의 분리에 유리한 방법을 찾아서 시행합니다.