실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
Whole-genome sequencing에서 Chromosomal/Plasmid DNA 관련 문의드립니다!!!!
레벨1 마리우스 (과기인)
안녕하세요
많은 분들의 질문과 답변을 통해 정말 유용한 정보를 습득하고 있습니다. 먼저 모든분들께 감사드립니다.
다름이 아니라 E. coli에서 Whole-genome sequencing을 Miseq 장비를 통해 진행할려고 합니다.
균주의 Chromosomal DNA와 Plasmid DNA를 모두 뽑아서 그 안의 유전자(항생제 등등)등의 whole-genome 정보를 볼까하는데,
생각으론 상업화된 DNA extraction 키트(DNeasy Blood and Tissue Kit-Qiagen)로 DNA를 다 뽑으면 Chromosomal과 Plasmid DNA 구분이 안되므로, Chromosomal과 Plasmid 각각에 index를 붙이지 못해서 구분된 결과가 나오지 않을까 하는 걱정이 있습니다.
그래서 Chromosomal DNA키트와 Plasmid DNA키트를 따로 사용하여 각각 DNA를 뽑고, Sample-1/2로 나누어 각각에 index를 붙여서 진행하여야 하나 생각이 듭니다.
저의 이런 생각과 과정이 맞을까요?
아니면 그냥 모든 DNA가 뽑히는 키트(예:DNeasy Blood and Tissue Kit-Qiagen)로, Chromosomal DNA와 Plasmid DNA를 같이 뽑아 한꺼번에 index를 붙여도 결과 값에선 각각의 sequncing 데이터가 나올까요?
그리고 일반 세균(저는 E. coli나 Salmonella 처럼 음성균 위주입니다)의 Whole-genome sequencing시 DNA 추출 키트 중 추천할만한 키트 있으시면 추천 부탁드리겠습니다.
여러가지를 배우면서 혼자 끙끙 하려니 고민이 많네요....
가르침 부탁드리겠습니다.
감사합니다!! :)
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