실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > mRNA Analysis
KEGG pathway 분석
레벨1 slaim (대학생)
안녕하세요
제가 이번에 RNA-seq을 통해 나온 Data를 정리하는데 Pathway 분석 과정에서 이해되지 않는 부분이 있어 여쭤보려합니다.
우선 저는 RNA-seq data의 유의한 Gene expression 차이를 구분하기 위해서
Fold change < -2 / Fold change >2
와
Raw.P value < 0.05 또는 0.01 또는 0.001
을 기준으로 Gene들을 선별해서 G profiler를 통해 Kegg pathway 분석을 진행하였습니다.
그런데 Fold change >2이고, P value가 0.05 미만일때(약 100여개의 gene)는 pathway 상의 차이가 없었는데
Fold change가 >2이고 P value가 0.01 미만일때(약 60여개의 gene)는 Pathway상의 차이가 나타났습니다.
P value가 0.01 미만인 gene들은 모두 P value가 0.05미만인 gene list에 포함되는 gene들인데 어째서 이러한 차이가 발생하는 것인지 이해가 되지 않아 여쭤봅니다.
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