실험 Q&A Mol. Biol.-Protein > etc.
DNA 농도에 따라 Kd 값이 달라지는 게 말이 되나요..?
레벨2 김민기96666 (대학원생)
제가 Kd 값에 대한 심각한 오해를 하고 있는 것 같은데..
아무리 생각해봐도 잘 모르겠어서 질문 남깁니다.ㅠㅠ
위의 그림처럼 unbound ligand와 bound ligand 간 binding fraction을 receptor concentration에 따라 그래프를 그렸을 때,
binding fraction이 1/2이 되는 지점의 receptor concentration이 Kd 값이라고 이해하고 있습니다.
그런데 이런 경우에, 초기에 설정한 ligand 농도가 달라지면 receptor concentration 범위가 달라지고, 그럼 Kd 값이 달라지는 게 아닌가 하는 의문이 들었습니다.
제 실험을 예로 들어서 말씀드리면, 저는 EMSA를 통해 protein과 DNA의 Kd 값을 구하는 게 목적입니다.
다른 논문들에서는 DNA를 pM~nM 단위를 사용하였고, 그에 따라 protein도 nM 단위를 사용하여, Kd 값이 대체로 nM 단위에서 나옵니다.
그런데 저 같은 경우에는 DNA를 uM 단위로 사용하고, 그에 따라 protein도 uM 단위로 사용하여, Kd 값이 uM 단위가 나오게 되어버렸습니다.
일이 이렇게 되니, 저도 DNA를 nM 단위로 사용하면 protein도 nM 단위로 사용하게 될 것이고, 그럼 Kd 값이 nM 단위가 나오지 않을까 하는 생각이 들었습니다. 그런데 Kd 값이 DNA 양에 따라 달라지는 건 말이 안 되니.. 제가 무슨 오해를 하고 있는 것인지 잘 모르겠습니다. 제발 고쳐주세요ㅠㅠ
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