실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > etc.
전기영동을 통한 Apoptosis, necrosis 확인 관련 질문입니다.
레벨1 Bibibig (대학원생)
안녕하세요 이번에 처음으로 DNA 독성 실험을 보고있는 대학원생입니다.
저희실험실이 DNA 독성실험관련해서 처음하기때문에 물어보거나 실험방법에 대한 코멘트를 받을 사람이없어 인터넷이다 다른 논문들을 찾아보았지만, 원인을 알수없어 질문드립니다.
우선 cell line은 처음에는 MDCK, 지금은 L929 cell을 사용하고 있고 일반샘플(DNA독성이 나타남)과, 이를 변형한샘플(DNA 독성이 안나타나야함)을 처리한 후 24시간 후에 DNA를 뽑고있습니다.
우선 DNA 독성이 없다는 것을 확인하기 위해서 흔히말하는 Comet assay와 DNA laddering assay와 같은 실험을 진행하려고 하고 있고 이중에서 후자에 대해 질문드립니다.
다른 분들의 질문과 답변을 보았을때, genomic kit를 사용해도 큰 문제가 없다고 하여 저는 RBC사의 Hiyield genomic DNA mini kit (Blood/Bacteria/cultured cells)을 가지고 DNA를 뽑은 후 아가로즈겔 (1%)를 사용하여 25V에서 40분 이상 내려서 확인하고 있습니다.
우선 첨부한 파일과 동일하게 진행을 하고 있고, Cell을 떼어내는 과정에서 cell에 damage가 있을까 하여 트립신 대신 EDTA만 사용하거나, 셀 스크래퍼를 사용하여 떼어내보기도 했습니다. 하지만 Control 군에서도 다른 샘플들과 유사하게 smear한 형태가 계속나타나서 어떤 부분에 문제가 있는지에 대해 코멘트를 받고 싶어서 글을 올립니다.
전기영동 순서는 마커 Con, 이후 샘플 순이고 왼쪽 6개가 EDTA를 사용한 세포, 오른쪽 6개가 셀스크래퍼를 사용한 샘플들입니다.
감사합니다!
*파일이 하나만 첨부가능하다하여 프로토콜은 아래 링크로 대체하겠습니다.
https://download.rbcbioscience.com/RBC%20Real%20Genomics/DNA/Genomic%20DNA%20Extraction%20Kit%20%28Plant%29/RealGenomics%20Extraction%20Kit%28YGB%20YGBM%20YGT%20YGP%20YGPM%29%20protocol%20V2013-1.pdf
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