실험 Q&A Mol. Biol.-Protein > Western Blot
SDS-PAGE에서 단백질 사이즈가 MS와 다르게 나옵니다.
레벨1 라프카디오 (대학생)
펩타이드 합성을 해서 실험중인데요 (펩타이드 시퀀스 = MHHHHHH)
이 펩타이드가 단백질 분자량 예측이나 MS 상에서는 0.97kda으로 나옵니다.
그런데 이 펩타이드를 DW에 녹인 뒤 (따로 침전되는 것은 없었습니다) SDS-PAGE에 걸어서 어디쯤에 밴드가 나오는지를 확인해 봤더니 10~15kDa 사이에서 밴드가 관찰됩니다.
일단 peptide를 물에 녹인 뒤에 2x sample buffer와 섞어서 끓인 뒤에 loading을 하였구요, 첨부한 사진은 16.5% SDS-PAGE입니다.
조금 내린거는 혹시나 펩타이드가 너무 작아서 밑으로 빠지진 않을까 싶어 일부러 조금만 내려 확인한 겁니다.
SDS-PAGE에서 단백질 사이즈가 원래 예상과 조금 다르게 나올 수는 있다고 들었는데 10배 이상 차이가 나니 당황스럽네요
왜 이런 일이 일어나는지와 해결 방법이 있으면 부탁드리겠습니다.
그리고 추가적인 질문으로 혹시 위의 짧은 펩타이드도 6xhis antibody에 결합할 수 있을까요? 단백질 tagging을 진행하여 실험한 적은 있지만 이렇게 짧은 펩타이드로 실험을 진행해 본 적은 처음이라 질문드립니다.
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