비변성 gel을 사용해도 어느정도 확인은 가능합니다.
정확한 확인은 변성 gel, 변성 sample buffer를 사용하는 것이 가장 좋습니다.
RNA 3개 band가 보입니다.
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v^^V
(대학원생)
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21.01.13 11:38
speed님께,
답변 감사드립니다! 한가지 더 궁금한 점이 있는데
band가 3개라고 하시면
18s, 28s 그리고 더 작은 분자량의 RNA?이 밑으로 내려와서 보이는 것을
말씀하시는걸까요?
진핵 cell에서 total RNA를 분리해서 전기영동하면 28S, 18S, 5S or 5.8S가
보입니다.
각 rRNA 사이에 smear한 band가 안보이는 것이 분리가 잘된겁니다.
[출처 : https://www.researchgate.net/publication/327632405]
진핵 rRNA 구성은 아래와 같습니다.
[출처 : Wikipedia, the free encyclopedia]
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v^^V
(대학원생)
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21.01.13 16:23
speed님께,
선생님 제가 전기영동을 해봤는데
이런식으로 결과가 나왔습니다...
모두 사람의 혈액에서 추출한 RNA인데
가장 좌측은 밴드가 2개 보이는 것 같은데 이게 18S , 28S 인가요...?
나머지는 밴드가 하나밖에 보이지 않는데
이런 경우엔 RNA가 추출되지 않았다고 보아야 하는걸까요? ㅠㅠ
1. RNA는 어떤 방법으로 분리했나요?
2. gel % 및 전기영동 조건은 어떻게 되나요?
3. 시료 농도(ug/ml) 및 loading 양은 어떻게 되나요?
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v^^V
(대학원생)
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21.01.13 17:35
1. RNA는 어떤 방법으로 분리했나요?
: RNA는 가장 좌측의 경우 혈액 300ul에 트리졸을 넣어서 클로로포름이랑 isopropanol을 사용해서 manual 방식으로 분리하였습니다!
: 그리고 나머지 두개는 exoRNeasy라는 kit를 사용해서 혈액으로부터 exosomal RNA를 추출하였는데 논문 찾아보니까 Exosome은 small RNA가 주로 존재한다는걸 보니 아마 하나의 band가 5s가 아닐까 싶습니다..
2. gel % 및 전기영동 조건은 어떻게 되나요?
: gel은 1% agarose gel을 사용하였고, 120v에서 15분간 전류를 흘려주었습니다. (Mupid-2plus라는 기기 사용)
3. 시료 농도(ug/ml) 및 loading 양은 어떻게 되나요?
: 모두 sample 5ul + dye 1ul 섞어서 총 6ul loading하였고
농도는 나노드랍으로 측정해보았을 때
좌측부터 442.3ng/ul, 230ng/ul, 257.5ng/ul으로 측정되었습니다.
전기영동은 100V 이하로 하세요.
천천히 내리는것이 band가 잘나오며 1.2~1.5% gel을 사용해 보세요.
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v^^V
(대학원생)
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21.01.14 14:46
넵 말씀해주신대로 다시 한번 해보도록 하겠습니다!
감사합니다!!