1) complementary strand로 설계되었을 수 있어요. reverse complementary 서열로 찾아 보세요.

2) 5' 말단에 G를 임의로 붙인 형태일 수 있으니, 앞쪽 한두개를 빼고 찾아보세요.

3) 정말 아니다 싶으면, genome에 blast 해보세요.

 

gRNA가 intron 부분이면 ORF에는 빠져있을텐데요. 

느림보님께
1) ape program에 있는 sequence에 검색해서 reverse complementary 여도 같이 검색이 되는데 없다고 뜹니다ㅠㅠㅠ
2)sgRNA sequence에서 2개정도 빼서 검색했는데 안뜹니다...
3) 제가 가지고 있는 dna sequence를 blast 해보고 또 이 sgRNA를 blast 를 돌려보았는데 두개 다 같은 단백질이 뜨긴뜹니다....

Bio 님께
제가 ORF라 했던 부분은 ape를 쓰기 때문에 whole genome에서도 검색 할수 있어서 두개다 같이 검색해보았는데 뜨지않습니다

도대체 왜이럴까요....
두분다 답변주셔서 정말 감사합니다...

 

3) 제가 가지고 있는 dna sequence를 blast 해보고 또 이 sgRNA를 blast 를 돌려보았는데 두개 다 같은 단백질이 뜨긴뜹니다....
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gRNA  서열로, 표적 유전자의 서열에 blast 정렬이 되었다면 된거 아닌가요?

해당 정렬된 부분의 모양이 원하는 답일 듯 합니다만.

혹시 sgRNA structural sequence까지 같이 blast하셔서 그런 건 아닌가라는 생각을 합니다. 한 번 sequence를 제공한 곳에 정확하게 준 sequence가 어떤 sequence인지 확인해 보세요.