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 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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질문 재업로드)qPCR amplification plot좀 봐주실 수 있나요?
알아카시아꿀(대학원생)  | 01.11 17:54
첨부파일 파일첨부: qPCR amplification plot test.jpg.PNG (94 KB)
이미지 첨부파일

안녕하세요. qPCR을 제가 셋업하고 혼자하느라 어려움이 많아 여기에 질문을 올립니다.

relative qPCR을 하기 위해서 GAPDH를 control로 잡아 amplification을 해보았습니다.

 

그래프가 그림처럼 나왔는데, 기존에 공부할때 보던 plot모양과 많이 다릅니다.

expotential phase가 없어보이는데 어떤 문제점이 있는걸까요?

 

TAKARA사 SYBR green qPCR kit를 사용하였고, appliedsystem step-one plus 기기 및 software를 사용하였습니다.

 

primer농도는 0.4uM, cDNA는 약 20ng으로 진행했습니다. 

#qPCR
 
#amplification
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  01.12 13:02  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

Plot type과 Graph type을 다른 것으로 바꿔 가며 보세요.

Exponential phase를 아름답게 보려면 Log scale 말고, 그냥 선형으로 보세요.

gapdh는 Ct가 20 이내로 나오는 것이 좋습니다. 그러니까, 이 샘플은 cDNA 농도가 낮거나 PCR 효율이 좋지 않아 보입니다. 

 

올챙이끄적여봅니다  |  01.13 03:04  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
kit의 enzyme 문제 일 수도 있겠다는 생각이 드네요..
qPCR시 파장은 sybr 로 맞춰져있있겠죠? 사진에는 안보이는거 같습니다
경험상 20ng RNA도 Ct 잘 나옵니다.
Ct 30만 넘지않으면 괞찬을 거 같아요
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