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원인을 생각해보면
1) GEL의 농도를 한 번 바꿔 보시는게 어떨까요?
GEL의 짜임이 현재 보시려는 아이보다 헐렁해서 그런거 아닐까 의심.
2) prep 과정에서 실수하신건 없나요?
3) DNA의 크기보다 GEL 내리는 시간을 많이 뒀나요?
이런 부분의 영향도 있을 수 있으니 처음부터 주의해서 다시 해보시면 좋을거 같아요. 저도 가끔 저런 현상이 나와서 처음으로 돌아가서 해봤더니 해결되는 경우가 꽤 있더라고요. 저는 보통 이 세개 사유가 컸네요.
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레벨5
1st_Philekorea
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21.01.06 18:43
그럴 경우는 잘 없으나 혹시 PCR tube가 찌그러져 있다고 하셨는데, 혹시 reaction 중에 tube cap이 열려서 mixture가 증발되지는 않았을까요?
부끄럽지만.. ㅎㅎ
PCR tube cap이 일부 깨졌는데 확인 못했더니, PCR product의 volume이 비정상적으로 줄어 들어 PCR이 제대로 진행되지 않았던 경험이 있습니다.
확인 해보시길 바랍니다.
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레벨1
못난어른선충
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21.01.06 19:56
Sample prep부터 새로 해보시는게...
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layla.S
(비회원)
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21.01.07 13:01
보시고자 하는 product 사이즈가 몇인지는 잘 모르겠으나
맨 밑에 뿌옇게 나타난건 primer dimer 인듯 하네요
이경우에는 sample의 양이 너무 적었거나 primer가 DNA에 붙지 못하여 pcr이 안되었을 가능성이 있습니다.
sample 양 잘 확인해보시고, 20ng gDNA로 해도 결과는 잘 나왔습니다.
보통 프라이머의 온도와 셋팅의 온도가 안맞을때 .. 아예안나오거나 멀티밴드가 나오기도 합니다. 참고하세요.
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algal researcher
(비회원)
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21.01.10 00:32
시료가 어떤것인지는 모르겠으나, DNA prep. 시 전분등이 많거나 humic acid가 많으면 nanodrop으로 정량했을 때에는 농도와 순도가 매우 좋게나옵니다. 그러나, gel에 내리면 DNA 관찰이 되지 않죠! 위의 물질들은 PCR reaction을 방해한다고 알려져 있습니다. Nanodrop 정량과 함께 agarose gel에서 확인하는 것을 추천드립니다.
위의 두가지 물질은 아가로스 겔상에서 밴드가 사이즈마커 맨 밑에 뿌옇게 뭉쳐져 다이머처럼 보입니다. 혹시, 시료가 식물이나, 조류 또는 환경시료일 경우 확인 한번해보세요.
많일 이 두가지가 문제일경우는 MP bio soil DNA extraction kit로 prep. 하거나 정제해 PCR 돌리는게 제일 편합니다(지극히 개인적인 경험). 일반적인 ethanol prep.으로는 저 두가지 물질을 제거하는데 매우 어렵습니다.
PCR inhibitors – occurrence, properties and removal
https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05384.x