실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > Purification/Isolation
RNA washing 후 drying
레벨2 wassupyall (대학생)
안녕하세요! 대학원 신입생입니다. RNA extraction 과정에서 가끔 RNA 농도가 낮게 나올때가 있는데, 아마 ethanol 제거 과정에서 RNA 유실이 있는것 같습니다. 일단 프로토콜은 다음과 같습니다.
-75% ethanol 1mL 추가 후, vortexing하고 7500g / 7min / 4C 센트리
-상등액은 따라 버리고, 잔여 에탄올은 syringe needle / pipette tip으로 조심스럽게 제거
-10~15분 상온에서 drying
1. 다른 랩 친구들은 vortexing을 하면 RNA pellet이 갈기갈기 찢겨지기 때문에 센트리를 돌려도 쉽게 떨어질거라고 합니다. Inversion mixing을 하면 덩어리로 펠렛이 나와서 편하다는데, inversion mixing으로도 washing이 충분히 되나요?
2. 상등액을 따라 버린 후 짧게 센트리를 돌려서 (1분가량) 남아있는 에탄올을 pipette으로 조심스럽게 제거해봤었는데, 펠렛이 쉽게 떨어집니다. 더 좋은 방법이 없을까요?
3. E-tube 밑부분에 큰 방울이 맺혀있어서 상온에서 말려도 없어지지 않습니다. 온도를 높여서 말리는 건 RNA degradation이 걱정이 되는데, 더 안정적인 방법이 없을까요?
4. 에탄올이 남아있는 상태로 cDNA 합성을 하고, RT-qPCR을 돌리면 RT-qPCR 결과에 큰 영향을 주나요?? 제가 너무 과민반응하는건지 잘 모르겠습니다.
선배님들 조언 부탁드립니다! 감사합니다!!
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