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 전체 > Molecular Biology-RNA > Small RNA Analysis
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질문 miRNA Seq할 때 Control은 필요없나요?
앞다리v^^V(대학원생)  | 2020.11.24 13:50

안녕하세요 

이제 막 miRNA Sequencing 실험에 대해 공부하고 있는 학생입니다.

보통 qRT-PCR같은 실험을 할 때는 reference gene을 

control로 CT값을 비교하는 것으로 알고 있는데

이 때 적합한 reference gene이 아직 밝혀진 바가 없는 경우

exogenous control을 인위적으로 넣어준다고 배웠습니다

그런데 miRNA Sequencing하는 업체에서는 

Sequencing을 하고자 하는 검체의 reference gene을 몰라도 

굳이 control을 따로 넣어줄 필요가 없다고 하는데

그 이유가 무엇인가요..? ㅠㅠ 

#miRNA
 
#Sequencing
 
#reference gene
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리Marine  |  2020.11.25   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

qRT-PCR 에서 reference gene 이 필요한 이유는, qPCR 상대정량 결과로 나오는 Ct 값 자체가 분석하고자 하는 유전자의 정확한 Copy number 가 아닌 , 간접적으로 이를 예측 할 수 있는 상대적인 수치 (증폭 단계에 따른 형광값) 이므로 이를 Reference gene 의 Ct 값을 참고하여 Normalization 을 꼭 해 주어야 합니다.

반면에, RNA-seq 결과는 시퀀싱을 통해 확보된 Reads 를 전체 유전자에 mapping 한 데이터를 바탕으로, 전체 Reads 수와 각 유전자의 길이에 따라 Normalization 이 된 FPKM 값을 알 수 있어, 샘플간의 직접 비교가 가능 합니다.

즉, qPCR 결과는 상대비교를 위한 Ct 값 이고, 
RNA-seq 결과는 동일 종 내에서는 직접비교가 가능한 Normalized FPKM 값 이기 때문 입니다.

 

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