qRT-PCR 에서 reference gene 이 필요한 이유는, qPCR 상대정량 결과로 나오는 Ct 값 자체가 분석하고자 하는 유전자의 정확한 Copy number 가 아닌 , 간접적으로 이를 예측 할 수 있는 상대적인 수치 (증폭 단계에 따른 형광값) 이므로 이를 Reference gene 의 Ct 값을 참고하여 Normalization 을 꼭 해 주어야 합니다.

반면에, RNA-seq 결과는 시퀀싱을 통해 확보된 Reads 를 전체 유전자에 mapping 한 데이터를 바탕으로, 전체 Reads 수와 각 유전자의 길이에 따라 Normalization 이 된 FPKM 값을 알 수 있어, 샘플간의 직접 비교가 가능 합니다.

즉, qPCR 결과는 상대비교를 위한 Ct 값 이고, 
RNA-seq 결과는 동일 종 내에서는 직접비교가 가능한 Normalized FPKM 값 이기 때문 입니다.