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cDNA 주형으로 클로닝
레벨2 잠시만... (과기인)
제가 ORF 이용해서 lentiviral vector에 클로닝 진행중인데요.
Rat cDNA를 합성해서 이를 주형으로 ORF 부분을 PCR 중인데, PCR 하면 밴드가 뜨지가 않네요.
ORF의 ATG 부터 stop codon 전까지 primer를 짜서 돌렸는데, 부위가 한정되어 있으니까 forward/reverse primer의 GC content를 맞추기 어려워 primer 간 Tm 값은 좀 차이가 나긴 하는데 그래도 무슨 밴드라도 보일 줄 알았는데 primer dimer 밴드만 희미하게 보일 뿐 증폭된 밴드는 확인이 힘듭니다. gradient PCR로 돌려 봤는데도 밴드는 휑하네요.
Target protein이 해당 세포에서 발현이 약한걸로 알려져 있는데 이럴 경우 cDNA 주형으로 PCR 하기가 힘든가요?
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