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발효식품을 통한 isolation은 직접 해보지않았지만, 지식에 기반해서 답변을 드리자면,,,
된장, 메주 등에는 bacillus subtilis 라는 바실러스가 주효 발효균이라고 알고 있습니다.. 즉 된장(청국장)으로부터 원하시는 단백질 효소를 찾는 절차 자체가 이미 bacillus subtilis라는 바실러스 균을 찾는것과 비슷한데요.
된장을 세척(rinse)하는 이유를 예측해보자면, 이런 바실러스 같은 균들이 체외?(= 세포 밖으로) 내뿜는 단백질가수분해 효소를 이용하겠다 또는 된장의 겉표면에 더러운 물질을 씻어내고 원하는 것을 얻기 위한 실험을 다음 절차부터 진행하겠다로 보입니다.
사실 어떤 프로토콜로 실험을 진행시는지 알기어려우나 질문주셨던 방법에서는 그런 이유라고 추측이 됩니다.