실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > mRNA Analysis
normalized, relative 유전자 발현, 데이터 해석 관련하여 질문드립니다.
레벨1 팡 (대학원생)
안녕하세요.
Molecular biology 쪽을 공부 중이며, 유전자 발현을 주로 실험하는 박사 3학기차 대학원생입니다.
mRNA를 대상으로 한 qRT-PCR 관련해서 선배님들께 질문드리고자 Q&A를 올립니다.
현재 제가 실험하고 있는 분야는 균주에 Heat stress 를 제공한 샘플로부터 RNA를 추출하여 Heat shock protein의 유전자 발현율을 분석중입니다.
온도 제공은 두 가지 셋트가 있습니다.
1. 20, 25, 30 ℃에 이미 적응 되어있는 균주입니다.
2. 온도 스트레스를 제공하는 균주로, 20->25℃, 25->30℃ (3시간)로 heat shock을 제공하는 균주입니다.
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이미 qRT-PCR을 진행하여 각 샘플의 Cq값을 얻었습니다.
여기서 들었던 의문점은....
Normalized gene expression 혹은 Relative gene expression 중에서 어떤것이 해석에 적합한지에 대한 의문이 들었습니다.
연구실에서 진행했었던 모든 실험은 control (대조군)으로 조정한 Relative gene expression 결과를 사용했습니다.
다른 학술 논문에서도 Normalized gene expression보다는 Reltaive gene expression을 더 선호하는 것으로 생각됩니다.
여기서 normalized gene expression도 Reference gene을 대상으로 조정된 값인데, 왜 relative gene expression을 더 선호하는지에 대한 의문이 들었습니다.
또, 제 실험 결과 중 20->25℃, 25->30℃ 는 각기 다른 대조군을 갖습니다.
20->25℃는 20℃에서 25℃로 온도를 올리기 때문에 대조군은 20℃가 되어야하며, 25->30℃는 25℃에서 30℃ 온도를 올리기 때문에 대조군이 25℃ 입니다.
그렇다면, 일반적이 온도에서 발현되는 heatshock protein의 유전자 발현율을 보고싶을 때, 20, 25, 30 ℃의 경우 relative gene expression을 보는것이 맞는 것인지에 대한 질문을 하게 되었습니다.
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다시 정리하자면,
1. 왜, normalized gene expression 보다 relative gene expression을 선호할까요?
2. control군이 3개인 상황에서 control군 자체에서도 유전자 발현이 달리 나타날때, normalized gene expression 으로 결과를 해석해도 될까요?
선배님들의 경험에 의한 의견 부탁드립니다.
읽어주신 모든 분들의 실험이 잘 되길 기도합니다.
감사합니다.
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