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 전체 > Molecular Biology-DNA > Library
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질문 single cell RNA seq 및 single cell ATAC seq을 위한 library를 항공 이송할 때 이송방법 문의드립니다.
알실험자(과기인)  | 10.30 02:18

현재 미국에서 연구 중인데요, single cell RNA seq 및 sc STAC seq을 준비 중입니다.

연구비 등의 문제로 제가 있는 대학의 corelab에서 library prep까지 진행하고 만들어진 library를 한국에 이송해서 sequencing 을 하려고 합니다.

워낙 비싼 실험이다보니 미국 -> 한국으로 이송할때 sample 에 절대 문제가 발생해서는 안되겠습니다. library 만드는 것에만 수천만원이 들어가니까요.

library는 비교적 안정적인 물질로 생각은 됩니다만, 이송 조건을 어떻게 해야할지요?  이송에 특별히 신경써야할 것이 있을지 고견을 여쭙고 싶습니다.

일단 FedEx를 이용할 것이고 아마도 미국 -> 한국 door-to-door 에 3일 정도 걸리지 않을까 합니다.

상온으로 보내기는 위험할까요?

혹은 드라이 아이스를 샘플 박스 주변에 둘러서 보내면 될까요?

아니면 아예 얼린 상태를 유지하도록 liquid nitrogen tank까지 써야할지요?

많은 고견 부탁드립니다. 미리 감사합니다.

#library
 
#이송
 
#sequencing
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
올챙이p....  |  10.30 03:40  

일단 싱글셀을 떠나 NGS를 처음 해보시는 분 같군요. 

Core Lab에서 해주고 수천만원이 든다는 것을 보니 10X 이용해서 할 것이구요. 

연구자가 따로 실험할 것은 없고, 

그냥 Cell만 준비해서 Core Facility에 주면 Cell을 10X 장비에 시약 키트와 함께 넣으면

자동으로 Library까지 만들어서 나옵니다. 

Library는 비교적 안정적인 물질이 아니라 그냥 DNA Fragment Pool 입니다. 

상온 상태로 운송되어도 문제가 없다는 말이지요. 

그럼에도 걱정이 된다면 드라이 아이스 정도만 해서 보내도 됩니다. 

덧, 이건 그냥 호기심인데, 미국에서 Sequencing 하는게 더 쌀텐데, 한국으로 왜 보내는 건지 잘 모르겠네요. 

알실험자  |  10.30 06:49  

L 특이하게 researchgate 에 문의를 하면 항상 질문에 대한 전문적인 답변을 얻는데 같은 질문을 브릭에 물어보면 언제나 가시돋힌 비아냥을 담은 답이 달리더군요. 민족성의 차이인 것 같아서 참 흥미롭습니다.

님이 쓰신 형식으로 저도 답을 할께요. 

core lab에 cell을 보내면 library까지 만들어주는 걸 모를 거라고 생각하는 거 보니 실험에 별로 경험이 없으신 분 같은데. 사람은 딱 자기 수준에서 남을 판단하니까요.

lab 마다 다르겠지만 cell을 그냥 corelab에 보내는 게 아니고요 10X에 3' RNA seq 만 있는 줄 아는 모양인데 ATAC seq 위해서는 nuclei isolation까지 진행해서 접수하니까 공부가 필요해 보입니다. ATAC seq도 처음들어보실 분 같은데 5' RNA seq 이나 TCR, BCR 같은 것도 있으니 찾아보시면 도움이 될 거예요.

library가 DNA 인 줄 모르는 사람이 있다고 생각하는 걸 보니 아마 석사 갓 시작하신 모양인데 지식이 좀 쌓이면 그 다음에나 브릭에서 활동하시면 많은 사람들에게 도움이 될 것 같습니다. 

1+1=2라는 것까지 다 쓰지 않는 건 몰라서 안쓰는 게 아니라 당연히 다들 아는 거니까 안쓰는 거예요. 그걸 몰라서 안쓴다고 생각하는 게 딱 수준을 드러내는거죠.

수준에 맞게 다시 "library는 deoxyribonucleic acid (이걸 DNA라고 약자로 말합니다.) 인데 DNA는 stable 하니까 상온에서 항공 우송으로 보내면 될까요?  이전에 plasmid (extrachromosomal DNA 인데 주로 bacteria 에서 circular double strand 로 존재하는 거예요) DNA 보낼 때는 종이에 묻혀서 건조한 걸을 주고 받는 건 많이 해 봤지만 비싼 library를 보내는 거라서 library 를 직접 항공 우송으로 보내보신 분들에 한해서 경험을 듣기 위해서 문의드립니다." 라고 하나하나 설명해주면 이제 이해가 되셨으면 좋겠습니다. 이런 설명이 필요한 분들한테서 답변을 기대했던 건 아니라서 그렇게 안쓴 거구요. 바쁜데 피곤하네요.

미적분 문제 묻고 싶은데, 자꾸 덧셈뺄셈 이야기는 왜 빼놓냐?  덧셈뺄셈도 모르는 분 같은데 어쩌고 하는 이야기 하시는 분 만나니 피곤해요.

core lab 의 director 와 직접 이야기하고 있고 director 는 -20 도에 보관하는 것이 안정적이므로 dry ice 로 운송하는 것을 권장하고 있는데 혹시 다른 의견이 있는지 여기에 물어본 겁니다.

님이 혹시라도 나중에 자기 연구비를 따서 자기 실험을 하는 자리에 갈 수 있게 된다면 그 땐 왜 실험 하나하나에 돌다리도 두드리고 건너가는지 깨닫게 될 거예요. 지금도 지도교수님 많이 힘들게 하실 거 같은데.

왜 미국이 더 싼데 한국으로 보내는 건지 모르겠다고 하는 걸 보니 일단 실험을 떠나서 미국에 한 번 못가보신 분 같군요.

미국서 library만드는 건 sample 이송 등의 문제로 core lab에서 하거나 아예 자기 lab에 10X 기계 들여놓고 직접하거나 하는데, 이후에 sequencing 은 미국이 워낙 비싸고 대신 중국이 싸서 다들 novogene같은 중국 회사에 맡기면 얘네들이 중국으로 이송해서 거기서 sequencing 해서 결과 보내줍니다. 돈이 넘쳐나는 lab도 sequencing 을 미국에서 직접 안해요.

그런데 요새 여기 학계 분위기상 중국이랑 엮이기도 싫고 해서 중국대신 한국에 보내려는 거구요.

다음에 공부도 좀 하고 경험도 쌓고 시야도 넓히고 자기 연구비도 직접 따보고 한 다음에나 여기서 활동하시면 좋을 것 같습니다. 건승하시길.

대왕개구리강시  |  10.30 09:17  

브릭에는 정말로 다양한 사람들이 들어옵니다.

고교생부터 교수급까지 다양한 사람들이 들어와서 질문을 던지고 답변을 해 줍니다.

저도 교수입니다.

요즘은 고교생들이 많이 드러와서 질문을 합니다. 고교생이 질문을 던지면 아주 세세한 부분까지 답을 해 줍니다. 그래야 고교생이 조금이라도 더 이해를 잘 할 수 있을것 같아서죠.

연구경력이 상당한 사람이라도 자신의 주력분야가 아니면 아주 기초적인 질문을 하기도 하고, 그에 대해서는 아주 기초적인 답을 요구하기도 하지요.

저도 면역학 부분은 잼병이라 아주 기초적인 질문을 합니다만 대부분의 경우에 아주 상세한 답이 필요해서 자세히 질문을 적습니다. 그리고 아주 세세한 부분까지 답을 달아주시는 분들이 계셔서 감사하고 행복합니다. 

 

오늘의 이 질문은 제가 보기에도 실험초보가 작성한 글로 읽혀집니다. 그저 그렇게 읽혀질 뿐입니다.

제가 먼저 답을 달았어도 세세한 답을 달았을 것입니다. 질문 자체만으로는 어떤 수준의 연구자인지 파악이 안되고 그저 초보자겠거니 하는 짐작만 가능했으니까요. 님을 비하하거나 흉 볼 생각은 없습니다.

어떤 분이 답을 달아주시기는 했지만, 다소 공격적으로 생각될 답을 달기는 했으나 질문자께서 "많은 고견"을 주문하셨으니 답변수준의 고하를 떠나서 많은 고견이 달렸을 것입니다.

님.

달린 답변을 너무 고깝게 듣지 마셨으면 합니다.

어떤 답변은 맘에 들지만 어떤 것은 그렇지 아니할 수 있습니다. 맘에 드는 답변만을 원하신다면 여기 브릭에서 좋은 답변만을 기대할 수는 없을 것입니다. 다들 시간이 남아돌아서 브릭에 들어오는 것은 아니며 달아주시는 답변 하나하나를 감사히 생각하는 마음이 브릭을 발전시키는 동력이라고 생각합니다.

 

주제넘은 글이라 생각이라 생각하지 않으셨으면 합니다.

개구리Marine  |  10.30 15:56  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

마음에 안드는 답변이면 그냥 흘려듣고 채택을 안하면 되지, 민족성까지 들먹이시면서 아득바득 달려드시는건 좀 안좋아 보이네요...-.-

 

답변을 하자면,

저도 상온 보다는 냉동상태 배송을 추천드리고,
3일 정도면 드라이아이스를 쓰시고, 드라이아이스 넣고 포장 하실때 아이스팩 (젤로된 아이스팩) 함께 넣고 포장하시면 혹시 드라이아이스가 빨리 다 날아가버려도, 남은 아이스팩 때문에 냉기가 더 오래 유지됩니다.

올챙이p....  |  10.31 05:19  

실험자//

학부생 수준의 질문을 올려놓고선 그에 맞춰 대답해줬더니, 쌍욕을 들어먹는 군요. 박사학위 소지자인데, 학부생 눈높이로 답해줘서 짜증난건지,10X scRNA-seq, scATAC-seq을 하니 "우와~~" 해줘야 하는데 고딩도 돈만 있으면 하는 실험으로 쉽다고 해서 짜증난건지.

자세한 분야를 밝혀서 제가 누구인지 알리고 싶은 생각은 없으니, 대략적으로만 이야기 하자면, 당신이 돈 때려박아서 하는 scRNA-seq, scATAC-seq 등을 처음 개발한 사람들이 동료로 있고, 재작년부터는 Single-cell 실험은 MultiOmics 아니면 아에 안하는 동네에서 연구하고 있다.

 

당신의 질문을 내가 다시 쓴다면 아래와 같이 쓰겠다.

"NGS Library를 만들었는데, 비싼 실험으로 만든거라 안전하게 미국에서 한국으로 운송하고 싶다. 내 생각에는 Dry Ice 패키징으로 넣어 보내는게 좋을꺼라고 보는데 더 나은 방법이 있습니까?"

 

질문에 무슨 scRNA-seq, scATAC-seq 이런게 왜 들어가고, Cell만 대충 준비해도 자동으로 돌아간다는 말에 발끈했던게 왜 그랬는지 스스로 되짚어보길 바란다. 내 답변에 달은 당신의 답글을 보아하니, 내눈에는 이 질문을 올린 것은 운송방법을 묻기보단, "수천만원이나 들고, 니들은 못하는 scRNA-seq, scATAC-seq 같은 고급진 실험을 하는 대단한 연구자다"라고 자랑하고 싶었던 것으로 보인다(Cell Prep이나 Nuclei Prep이나 거기서 거기인 재료 손질이지 뭐 대단한거라고). 그런데 Raw Data에서 분석은 할 줄 아시나? 

 

그리고 돈이 넘쳐나는 Lab도 Sequencing을 미국에서 직접 안한다라... 미안하지만 그렇지 않다. 중국 회사에 맡기는 경우도 있긴 하지만, 내부에서도 충분히 저렴하게 한다. 일루미나로부터 몇 % 할인받아서 하고 있는지 알면 기겁하겠네 ^^

 

아... 그리고 미국을 한 번도 못 가본거 같다라고 썼던데ㅋㅋ 재밌네. 

알실험자  |  10.31 09:17  

p... 원래부터가 돈만 부으면 되는 실험인 scRNA seq 을 한다고 자랑할 리가..  비아냥 거리는 답변으로 자기 자랑을 하는 게 어떤 모습인지 첫 댓글부터 지금댓글까지 당신이 쓴 글을 찬찬히 곱씹어보시라.

알팬더당  |  11.03 08:53  

그냥 Fedex 제일 빠른 delivery로 상온으로 보내도 전혀 문제는 없겠으나 DNA 샘플의 경우 통관의 문제가 있을 수도 있습니다(확실하진 않구요)

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