실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Purification/Isolation
plasmid purification 후에 전기영동 하면 새로운 밴드가 추가로 생깁니다.
레벨2 해태 (대학생)
안녕하세요.
제목처럼 plasmid를 purification 한 뒤 전기영동으로 확인해보면 새로운 밴드가 생겨서 여쭤보고자 질문드립니다.
실험 순서는 대략적으로 이렇습니다.
1.maxi prep > 2.restriction enzyme cut > 3.amicon filter 100k filtering >4.purification (column-qiaquick 사용)
단계단계마다 계속 전기영동으로 plasmid상태를 확인하는데, 3단계까지는 멀쩡하다가 4단계 purification을 하고 난 뒤에는 기존 밴드 아래에 희미하게 새로운 밴드가 추가적으로 나타납니다.
위 사진이 전기영동을 한 사진인데요. 맨 왼쪽이 1kb ladder이고 빨간색 동그라미 친 것이 제 샘플입니다.
왼쪽샘플이 3단계까지 거친 linear plasmid 이고요, 오른쪽샘플이 3단계 샘플을 purification만 한 샘플인데 파란색 동그라미로 쳐놓은 것처럼 아래에 밴드가 하나 더 생깁니다. 저게 대체 왜 생기는지 모르겠습니다.
purification 실험 프로토콜은 이렇습니다.
1. linear plasmid 약 25ug(샘플 농도 약 500ug/mL) + DF buffer 500uL
2. 컬럼에 넣고 1min centrifge
3. 빠져나온 용액 버리고 잔여 용액 없애주기 위해 1min centrifge
4. wash buffer 500uL 넣고 1min centrifge
5. 빠져나온 용액 버리고 잔여 용액 없애주기 위해 1min centrifge
6. 새 튜브로 교체해주고 잔여 에탄올 날리기 위해 뚜껑 열고 1min 놔둠
7. DW 40uL 넣고 1min 기다린 뒤 1min centrifge
저렇게 새로운 밴드가 생길 이유가 없는데 저게 대체 무슨 밴드인지 모르겠습니다.
알고계시는 분이 있다면 답변 부탁드립니다 ㅠㅜ
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