실험Q&A를 통해 여러분의 지식을 나누어 주세요. 답변을 등록하시려면 로그인 해주세요.
본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
sequencing 결과 피크를 정확하게 확인하세요. 피크를 확인하지 않고 텍스트 파일만 확인해서 blast 돌리면 안됩니다.
16S rRNA 서열은 최종 균주 동정에서 사용하며 매우 정확한 결과를 보여줍니다. blast 결과 대장균이라면 대장균 맞습니다.
명확한 확인을 위해서는 맥콩키아가, EMB 아가 등으로 확인 하는게 좋습니다.
특히 EMB 아가는 대장균이 자랄때 콜로니가 초록색 금속광택을 띠므로 대장균 동정에 매우 유용합니다.
-
레벨4
지민쨩
(대학생)
-
20.10.16 13:17
sequencing peak를 정확히 확인한다는게 정확히 어떤건가요...?
이런 거
- blastN으로 요약된 결과가 자꾸 shigella나 Escherichia fergusonii로 나옵니다.
: 몇 % 정도 나오나요?
서열을 하나 첨부 가능하면 올려주세요.
직접 한번 확인해 봐야 어느정도 나오는지 알수 있을 것 같습니다.
한 균주의 27F peak는 첨부파일과 같습니다
그리고 27F와 1492R assembly된 서열은
GCAAGTCGAACGGTAACAGGAARCAGCTTGCTGCTTYGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACC
GCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTTGTWGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCT
GAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAG
GCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGGGGAGGAAGGGAGTAAAGTTAATACCTTTGCTCATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATAC
GGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCTGATACTGGCAAGCTTGAG
TCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGG
AGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGC
CGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACGGAAGTTTTCAGAGA
TGAGAATGTGCCTTCGGGAACCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTC
CGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGAGA
AGCGACCTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAAT
ACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTT |
입니당 ㅜ
이 염기서열은 대장균으로 보는 것이 타당합니다.
군데군데 정확하지 않은 염기 data가 있는데 이것은 전부 peak data와 비교해서
염기를 판독해야 합니다.
업체에서 보내주는 서열 data는 읽은 그대로 정리해서 보내주시 때문에
미생물 동정 뿐만 아니라 다른 용도의 염기서열 분석 결과 또한 의뢰한 연구자가
직접 peak data와 수작업으로 비교하여 염기 서열에 잘못된 부분이 없는지
검증해야 합니다.
-
레벨4
지민쨩
(대학생)
-
20.10.19 08:15
> 정확하지 않은 염기 data를 아는 방법은 무엇이고
> paek data와 수작업으로 비교하는 방법은 어떻게 알 수 있을까요??
peak data를 장비에서 읽은ATGC에서 잘못읽힌 부분을 또는 전체를 하나하나
peak 모양을 확인하면 ATGC가 맞는지 알수 있습니다.
본인이 연습를 하면서 실력을 늘려야 합니다.