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multiplex PCR kit를 사용했나요 아니면 primer를 실험실에서 디자인해서
혼합 후 사용했나요?
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레벨4
지민쨩
(대학생)
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20.09.28 20:23
그 매뉴얼에 있는데로 프라이머를 제작해서 혼합해서 사용하였습니다.
그 매뉴얼은 뭘 뜻하나요?
kit 제품을 사용하지 않았으면 optimization을 해야 합니다.
kit 제품을 사용했다면 sample 종류를 포함해서 상세한설명이 필요합니다.
어떤 균의 확인용 PCR인지 모르겠으나 매뉴얼을 참고로 1개 이상의 균을
증폭하는 primer를 혼합한거 아닌가요?
매뉴얼에 있는 primer이상을 혼합하려면 각 primer의 비특이 증폭에 대한
test를 해 봐야 합니다.
단순히 여러 primer를 혼합 한다고 multiplex PCR이 되는 것은 아닙니다.
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레벨4
지민쨩
(대학생)
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20.09.28 21:51
앗, E. coli 의 target gene으로 inv, eaeA, LT, ST 를 한꺼번에 하는 것으로 수행하였습니다.
균은 하나였습니다.
ㅠ 설명이 부족했던 것 같습니다.
비특이 증폭에 대한 test는 어떻게 진행을 하는건가요..??
4종을 한번에 하지말고 1종씩 따로 현재사용하는
대장균 template로 해보세요.
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레벨4
지민쨩
(대학생)
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20.09.28 23:32
앗 따로따로 해보고 비특이적인 밴드가 있는지 없는지 확인하면 되는건가요??
만약 있다면 어떻게 해야하나요...
primer를 다시 주문해야할까요...
공인 primer이기 때문에 우선 1종씩 증폭해보고
판단해야할것 같습니다.
각 primer의 Tm이 어느정도 인가요?
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레벨4
지민쨩
(대학생)
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20.09.29 00:04
각각 이렇게 입니다.
annealing을 55도 58도 60도 비교해 보세요
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레벨4
지민쨩
(대학생)
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20.09.29 00:20
넵 해보고 결과 비교해보겠습니다.
근데 혹시 그렇게 온도를 잡은 기준이 있을까요?
매뉴얼에 너무 낮게 나와있어 비특이 band가
많이 나온게 아닌가 생각이 듭니다.