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토양 속에는 질소고정 박테리아만 살고 있지 않습니다
엄청난 종류의 박테리아가 있을텐데 실험목적이 질소고정 박테리아의 종류에
대해서 알아보시는 것이라면 일단 질소고정 박테리아만을 분리해야 하고
프라이머 제작을 위해서 동정 단계가 필요하게 됩니다.
그런데 이 때 따로 배양하고 분리 및 동정하지 않고 처음부터 kit로 추출한 DNA를 바로 PCR로 증폭시켜도 되나요????????
이렇게도 합니다.
하지만 분리배양하지 않은 토양속 세균(또는 토양)의 16S rRNA 유전자를 PCR로 증폭하면 시료속에 존재하는 모든 세균의 16S rRNA 유전자가 같은 길이로 증폭되서 나옵니다.
이 PCR product를 pyrosequencing하던가 아니면 클로닝해서 각 클론을 sequencing 합니다.
그러면 토양시료 중에 포함된 세균의 종류별로, 조내 비율대로 16S rRNA 염기서열을 알수 있지요.
이를 메타지놈이라고 부르며 어느 토양속에는 ㅇ떤 그룹의 세균들이 어떤 비율로 존재한다.... 는 결론을 얻을 수 있습니다.
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레벨1
신군
(대학생)
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20.09.25 17:06
답변 감사드립니다! 즉, 질소고정박테리아만 분석하고 싶으면 분리, 동정을 하고, 토양 속 전체 세균의 종류를 보고싶으면 Kit로 바로 추출하면 된다는 말씀들이신 거 같은데.. 제가 제대로 이해한건가요?
그리고 죄송지만 추가로 질문을 더 하자면, nifH라는 유전자의 DNA를 qPCR로 증폭시켜 토양에 따른 nifH의 변화를 분석할 계획입니다만, 이 경우에는 분리 동정하는 경우와 바로 추출하는 경우 결과가 다를까요??