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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 PCR Product 전기영동이 망했는데 원인분석 도와주세요ㅜㅜ
알Genome(일반인)  | 09.19 18:42
첨부파일 파일첨부: 전기영동 질문.png (1.53 MB)
이미지 첨부파일

(사진 참고해주세요)

약 2kb 정도 되는 nosZ gene을 DNA Extraction 및 PCR 과정을 진행했습니다. 그리고 전기영동을 2차례 진행했는데, 둘 다 오류가 많았습니다. 

처음에는 gel을 염색하지 않았고, DNA를 Loading buffer가 아니라 Ecodye로 염색했습니다. 그리고 극을 반대로 걸었습니다. 그랬더니 DNA가 위쪽으로 올라간 것으로 보였습니다.

두번째는 Ecodye와 Loading buffer를 함께 DNA(PCR Product)와 염색했습니다. 1차때와는 확실히 반대쪽 극을 걸었는데, 두번쨰 전기영동 실험도 DNA가 위로 올라가버렸습니다. 그런데 더 신기한 건 Ladder는 아래쪽으로 정상적으로 갔습니다. 그렇다면 DNA가 (+)극을 띤다고 생각할 수 있는데, 이것이 가능한 얘기일까요? 어떤 과정에서 바뀔 수 있는 가능성이 있을까요? 

 

도저히 이 두 실험결과를 해석하기 어렵습니다. 선생님들의 소중한 답변 기다리겠습니다. 

#전기영동
 
#PCR
 
#실패원인
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  09.19 19:33  

ladder가 거의 안보이네요.

gel만들때와 전기영동 buffer는 어떤 걸 사용했나요?

알Genome  |  09.19 20:00  

6x gel Loading Buffer를 이용했구요.

gel 염색은 Solgent의 Ecodye를 이용했습니다.

Ladder을 넣긴 했는데 겔 염색을 안 해서인지 잘 안 보이는 것 같네요ㅜㅜ

대왕개구리SPEED  |  09.19 20:02  

질문의 답은 없네요.

gel만들때와 전기영동 buffer는 어떤 걸 사용했나요?

알Genome  |  09.19 20:11  

gel 만들 때는 agarose랑 증류수로 0.8% agarose gel을 만들었구요. 전기영동 에는 TAE buffer를 이용했습니다. 이 외에는 Buffer를 넣어준 게 없는 것 같습니다.

대왕개구리SPEED  |  09.19 20:17  

gel은 TAE로 만듭니다.

개구리bio  |  09.19 21:13  

SPEED님 말씀은 gel을 만들때 사용하는 buffer와 gel running 할때 사용하는 buffer가 같아야 한다는 말씀입니다. 

 

알Genome  |  09.20 00:32  

아하! 그러면 지금 gel 만들 때 증류수를 사용했고 running할 때는 TAE를 써서 DNA가 (+)인 마냥 이동했다는 뜻인가요? 아니면 Ladder가 내려오지 않은 원인이 그것 때문이라는 것인가요?

알실험이 좋아요  |  09.20 21:12  

marker을 걸어보세요... 

 

두번째 사진도 아무리 봐도 반대로 걸은 것 같네요... 

135nicb@naver.com  |  09.21 16:14   

증류수로 gel을 만들어 buffer에 넣을 경우 젤이 위로 뜹니다....

gel만들때는 반드시 tank buffer와 같은 %의 buffer를 사용하세요

DNA가 위로 올라간것은  gel이 위로 떠서 움직인듯하네요;;;;;

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