3, 5 lane은 잘리는 중입니다.

어느정도 잘리기를 원하나요?

gDNA 양을 줄이든지 효소를 3ul정도 넣고 1, 3시간 잘라 보세요. 

positive control이 없어서 문제점을 찾기가 어렵습니다.

혹시 실험실에 정제된 plasmid가 있다면, BamHI site가 있는 plasmid라면 같이 잘라보세요.

plasmid가 잘 잘리는데 gDNA는 안잘린다면 gDNA의 purity에 문제가 있는것입니다.

gDNA의 purity 문제가 아니라는 것을 증명하고 싶다면 gDNA와 plasmid를 다른 효소, 가령 HindIII 같은 효소로 잘라보세요.

같은 양의 gDNA와 plasmid를 양의 HindIII 효소로 잘랐는데 BamHI처럼 plasmid는 잘리고 gDNA는 안잘렸다면 gDNA purity가 문제입니다.

반면 HindIII는 plasmid와 gDNA를 다 잘랐다면 BamHI 효소를 의심하면 되지요.

두 분다 답변 감사합니다. 제가 lane 설명을 빠뜨렷엇네요,

2번 4번 lane이 un-cut이고 3번 5번이 각각의 cut한 sample입니다.

genomic DNA 정량 했을 때 Ratio가 1.90~19.2정도이고, 지금은 제 개인적으로

다른 enzyme이나 plasmid를 쓰겠다 하지는 못하는 상황이라 강시님 말씀처럼

확인하기엔 힘들 것 같습니다. 예비 실험이라 어느 정도 잘리는 정도를

예측했다기 보단, 구글링으로 찾아 봤을 때 보통나오는 smear한 형태를

예상했었구요. SPEED님이 답변해 주신 것처럼 genomic DNA 농도를 줄이거나

enzyme의 unit을 늘려봐야 할 것 같네요.

잘리고 있는 pattern이니 걱정할 문제는 아닙니다.

6개 염기인식 보다 더 짧은 염기 인식 효소나 인식 염기 서열이 짧거나 N이

들어가 있는 제한효소는 1ug gDNA를 1U로 30분만 처리해도 상당히 분해된

pattern을 보입니다.

gDNA는 spin column으로 추출했나요?

gDNA는 cell lysis buffer를 제작하고 PCI와 EtOH 등을 이용해서

extraction했습니다. 3T3-L1 cell에서 extraction했는데 deep freezer에서 1년

조금 넘게 보관됐던 것을 사용했습니다.

(예비 실험 목적이라 그냥 여분을 사용한 느낌이랄까요)

제가 실험실 들어가기 전 선배(누군지는 모르겠지만)중 한 명이 cell을 배양하고

deep freezer에 넣기 전 DPBS로  washing하고 호일로 감싼 상태로 넣어둔

것이구요 

kit를 사용하지 않고 prep.했다면 salt가 남아서 늦게 잘릴수도 있습니다.

gDNA 용액에 1/10 3M sodium acetate, 2배 부피 EtOH를 혼합 후 -20도 30분

방치 후 13krpm에서 15분 원심분리, ppt를 70% EtOH로 washing하여

gDNA를 회수한 후 제한효소 처리를 해보세요.