실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
genomicDNA target PCR primer로 RNA 샘플의 PCR 증폭이 가능한가요?
레벨1 hunnnnn (대학원생)
안녕하세요.
실험중에 궁금한점이 있어서 글을 올립니다!
명확한 전달력을 위해서 아래와 같이 내용을 설명드립니다.
*실험개요*
-동물에 bacteria를 감염키고 target organ에서 bacteria가 검출되는지 확인하고자 함
(Agar도말이나 배양으로 균이 detection이 안되기 때문에 PCR로 검출하고자함)
-동물 부검 후 target organ을 harvest하여 total RNA를 추출함
(DNA를 추출하였어야 하나, 착오로 인해 RNA를 추출함)
-추출한 RNA 샘플(동물의 RNA와 Bacterial RNA가 섞여있음)을 cDNA로 합성한 후, Bacteria의 genomicDNA에 대한 PCR Primer를 넣고 qPCR을 진행함
이런 경우 PCR 산물이 검출될 수 있을까요?
보통 저희가 마우스 시료를 가지고 PCR을 진행할 때,
genomicDNA를 검출하기 위해서(genotyping 등) primer를 그에 맞춰 별도로 짜고(DNA추출), mRNA발현량을 확인하기 위해서는 mRNA(cDNA)에 맞춰 primer를 별도 짜서(RNA 추출) PCR을 진행 하고있습니다.
이러한 이유는, 제 짧은 지식으로 생각해봤을 때, genomicDNA 서열을 주형으로 하는 primer를 짜서 PCR을 진행 할 때에는, Exon과 Intron이 모두 포함되어있는 서열을 감안하고 PCR product의 size를 예측하고 primer를 짜는데, mRNA의 경우는 Intron이 제거된 상태의 서열을 감안하여 PCR product의 size를 예측하여 primer를 짜야 하기 때문에....각각의 primer를 다르게 짜야하는 것이라고 생각하고있습니다.
그런데 원핵생물인 bacteria의 경우에는 Intron이 존재하지 않기 때문에,
1.Bacterial DNA 추출 -> DNA에 대한 primer로 PCR 진행
2.Bacterial RNA 추출 후 cDNA합성 -> DNA에 대한 primer로 PCR 진행
이렇게 두가지의 방법으로 실험을 진행 하여도 똑같이 증폭이 잘 될 수 있는 걸까요?
이분야에 지식이 많이 짧아서 조금 어처구니없는 질문일지 모르겠으나, 훌륭하신 선배님들의 조언을 구해봅니다!
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