실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
DESeq2를 이용한 data 분석을 시작해보려고 합니다.
레벨2 무선충전기 (대학생)
안녕하세요 R의 DEGSeq2 package를 이용해서 data 분석을 해보려합니다.
stringtie를 이용해서 count matrix 형태로 data를 얻은 상태인데, DEGseq2에 맞는 파일 포멧으로 적용하는 곳에서 부터 막혀서 시작도 못하고 있습니다....
DESeq2 manual에 나온 명령어를 기반으로 제 데이터를 적용하여 진행하고 있습니다.
data<-system.file("extdata","gene_count_matrix.csv",package="pasilla",mustWork=FALSE)
이렇게 진행하고 다음 명령어에서 진행이 되지 않는 상태인데요.
다음 명령어는 아래와 같습니다.
> cts<-as.matrix(read.csv(data,sep="t",row.names="gene_id"))
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, :
no lines available in input
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
file("") only supports open = "w+" and open = "w+b": using the former
R은 이번에 거의 처음 사용해보는 것이라서 에러가 나와도 솔직히 무슨 말인지 전혀 모르겠습니다....
as.matrix가 제가 data라는 이름으로 불러온 파일을 "gene_id"를 기준으로 행렬형식으로 바꿔주는 것이라는 것은 알겠는데, 이런 오류가 나오는 경우에는 어떻게 해야할까요???
답변기다리겠습니다.
감사합니다.
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