primer가 잘못되었으면 증폭 자체가 안되었을겁니다.
primer 가 정상적으로 작동하여 있는 그대로의 mRNA가 측정되었다고 보이며
현재 대조군 대비 처리군에서 양적 변화가 있어야 할 gene 2개는 현재 밝혀져
있는 gene 인가요 아니면 연구로 밝혀야 할 gene인가요?
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레벨1
로봇의비밀
(과기인)
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20.08.07 12:07
네 답변 감사합니다.
2가지 모두 현재 밝혀져 있는 gene이며 많이 분석하고 있는 유전자들입니다.
2가지 말고 또 다른 유전자 분석 중, 멜팅커브가 2개가 검출되어 새롭게 프라이머를 제작한 유전자가 있는데, 그 때와 결과가 동일하게 나왔습니다..
그래서 아마도 프라이머에 문제가 있지 않을까 생각하고 있습니다.
한가지 걸리는 것은 제가 프라이머를 디자인할때 primer3 사이트를 이용하였고, 거기서 1번째로 추천한 프라이머를 사용했는데요..
제작된 프라이머 염기서열이 cccc 와 같이 4개가 동일하게 연속되는 것이 있는데 이게 문제가 될 수 있을까요..? 4개 이상 동일하게 염기가 반복되면 비특이적인 증폭이일어날수 있다고 하는데,, 이럴 경우에도 멜팅커브는 정상적으로 나타날 수 있는건지.. 잘 모르겠습니다..
이것이 문제가 아니라면 또 다른 원인은 무엇이 있을까요..?
답변 부탁드리겠습니다....ㅠㅠ
감사합니다.
primer 문제로는 보이지 않습니다만 새로운 서열로 primer를 만들어
실험해보는 것도 원인 규명을 위해 좋을 듯 합니다.
아무리 프로그램에서 primer를 디자인해 줘도 실험자가 확인을 해야합니다.
동일 base가 연속으로 있어도 문제가 발생할 때도 있고 발생하지 않을수도
있습니다.
house keeping도 함께 측정하죠?
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sms67022@naver.com
(비회원)
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20.08.07 17:05
답변 감사합니다.
멜팅커브가 잘 그려졌으면 프라이머 문제로 볼 수 없는 건가요..?
결과가 이상한 2 유전자의 결과와.. 멜팅커브가 2개로 그려진 프라이머의 결과가 아주 동일하고, 발현이 거의 안된 것처럼 보입니다.
프라이머에 뭔가 문제가 있는 것 같긴한데요..
딱히 문제점을 확인할 수 있는 방법이나 원인은 따로 없을까요??
그리고 housekeeping gene도 함께 분석하고 있고,
Actin과 결과값이 거의 비슷합니다 (특정 한 포인트를 제외하고)..
답변 주시면 감사하겠습니다..