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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 전기영동에서 잡밴드나 끌림 현상이 너무 심합니다. 어떻게 해결할 수 있을까요?
알jijin(대학생)  | 08.05 15:29
첨부파일 파일첨부: KakaoTalk_20200805_145353943_02.jpg (1.17 MB)
이미지 첨부파일

안녕하세요 예비 대학원생입니다 !

다름이 아니라 사진처럼 PCR 후의 잡밴드? 끌림현상?이 너무 심합니다..

6종류의 바이러스(2종류는 DNA 바이러스, 4종류는 RNA 바이러스)를 분석하기 위한 실험인데 

primer가 오염됐나 싶어 primer도 바꿔봤는데 안되네요ㅠㅠ

17콤에 5ul 넣는데 아니면 template 양이 너무 많을까요?

참고로 겔은 1X TAE buffer를 사용합니다.

#전기영동
 
#PCR
 
#잡밴드
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  08.05 15:37  

각 sample이 PCR에서 어떻게 나오는게 정상인가요?

positive control은 없나요?

개구리BlackSmile  |  08.05 15:39  

1. PCR에 사용한 nucleic acid의 양은 어떻게 되나요?

(예를 들어 RT-PCR이라면 cDNA를 만드는데 사용한 RNA의 양 + PCR에 사용한 cDNA의 양, genomic DNA를 사용한 거라면 PCR에 사용한 gDNA의 양)

 

2. PCR 조건도 같이 알려주실 수 있으신가요? (온도 및 cycle수)

알jijin  |  08.05 17:33  

1) sample이 단일밴드로 나오는게 양성입니다! positive는 실험실에 재고가 다떨어져서 없어요ㅠㅠㅠ

2) PCR 조건은 저게 6가지 바이러스라 각각의 조건에 따라서 6개의 pcr로 돌리고 전기영동을 같이 했습니다!

3) 안그래도 저희가 비장을 추출해서 DNA 분리, RNA 분리를 하는 건데 sample이 너무 많이 들어가서 농도가 일정하지 않았던거 같기도 해요ㅠ

대왕개구리SPEED  |  08.05 17:38  

-17콤에 5ul 넣는데 아니면 template 양이 너무 많을까요?

loading양은  template양이 아닙니다.

sample양은 문제가 되지 않고 사용한 primer는 검증된 primer인가요?

RNA virus는 어떻게 PCR했나요?

알jijin  |  08.05 17:54  

template는 1ul 넣었고 이 1ul에 dna가 너무 농축되어 있었던 것 같아요ㅠ

pcr은 rna protocol대로 했습니다 !

대왕개구리SPEED  |  08.05 18:29  

PCR template는 무조건 1ul를 사용하는 것이 아니라 정량을 해서 적당한 양을

사용하는 것이 중요하고 질문의 현상은 template 문제 보다 primer 문제로

보입니다.

PCR 조건도 문제가 있을 가능성이 있지만 annealing temp.를 조절해도 비특이

band가 너무 많아서 single band로 나올 가능성은 낮을 것으로 보입니다.

코알라  |  08.10 09:55   

양성대조군이 없이 실험을 하면, 문제점을 찾기 참 힘들죠.

그러나 통상의 경우를 비춰볼때, 멀티밴드의 문제는

1) 여러종류의 Template가 혼재되어 있는 경우

2) PCR조건이 적당하지 않은 경우

가 대부분입니다.

 

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