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 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
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질문 genomic DNA extraction 과정 중에
뒷다리핑핑이(대학생)  | 08.04 00:13

Genomic DNA extraction 공부를 하던 중에 궁금한게 생겼는데 인터넷을

뒤져봐도 나오질 않아서 여기다가 질문을 올립니다.

1. PCI와 CI 처리를 다한 후 원심분리하여 상층액을 옮기고 2배 volume의

EtOH와 0.3M이 되도록 sodium acetate를 넣는 과정이 있는데 DNA 응집을

위한 과정인건 알겠습니다. 그런데 왜 2배 volume의 EtOH와 0.3M이 되도록 

sodium acetate를 넣어주는 것인가요. 넣어주는 양이 어떤 기준이 있는

것인지와 NaCl과 sodium acetate의 차이점이 궁금합니다.

2. 이렇게 넣어준 뒤 -20에 keep 해두는데 낮은 온도에서 응집이 잘 되서 

그런 것인가요? 이유가 궁금합니다.

3.  salt를 washing해 주는 과정에서 70% EtOH를 사용하는데 100%에서보다

70%에서 salt의 용해도가 더 높아서 70% EtOH에 salt를 녹여서 없애주는 

것인가요? 맞다면 왜 그러한가요?

 

기본적인 질문 일 수도 있는데 아무리 찾아봐도 나오질 않습니다.

조언 부탁드립니다.

#DNA extraction
 
#buffer
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리BlackSmile  |  08.04 10:47  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

DNA precipitation을 위해서는 적정 농도의 salt와 ethanol이 필요합니다.

(상층액 + 2배 volume의 Ethanol + Sodium acetate를 첨가하게 되면 대략 60~70% 농도의 Ethanol solution이 만들어짐)

DNA는 원래 70% Ethanol에서 Solution으로 존재하지만, DNA에 binding할 수 있는 1가 양이온(Sodium, Potassium 등)이 첨가되면 용해도가 급격히 떨어지게 됩니다. DNA precipitation을 유도하기 위해서 적정량의 NaCl이나 Sodium acetate를 첨가하는 것입니다.

이 때, 온도를 낮게 유지해주면 DNA의 용해도가 더 떨어지기 때문에 precipitation이 더 많이 일어나게 됩니다 (Protocol을 찾아보면 -20도에 넣는 경우도 있고 더 낮은 온도인 -80도 deepfreezer에 두는 방법도 있습니다)

 

Precipitation된 Salt를 마지막에 wash할 때에는 100%가 아닌 70% ethanol을 사용하게 되는데, 100% ethanol을 사용하게 되면 DNA를 완전히 dehydration시키게 되어서 나중에 D.W.에 녹일 때 잘 안녹습니다.

그래서 물 분자가 어느정도 포함되어 있는 70% Ethanol을 사용해서 DNA 분자 사이에 어느정도의 물 분자가 끼어들어가있는 상태를 만들어 주어야 마지막에 dilute할 때 잘 녹게 됩니다.

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